处理大数据集时fetchfailedexception或metadatafetchfailedexception

6pp0gazn  于 2021-05-29  发布在  Hadoop
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当我用1GB的数据集运行解析代码时,它完成了,没有任何错误。但是,当我尝试一次25 gb的数据时,我得到了以下错误。我在努力理解如何避免以下失败。很高兴听到任何建议或想法。
不同的错误,

org.apache.spark.shuffle.MetadataFetchFailedException: Missing an output location for shuffle 0

org.apache.spark.shuffle.FetchFailedException: Failed to connect to ip-xxxxxxxx

org.apache.spark.shuffle.FetchFailedException: Error in opening FileSegmentManagedBuffer{file=/mnt/yarn/nm/usercache/xxxx/appcache/application_1450751731124_8446/blockmgr-8a7b17b8-f4c3-45e7-aea8-8b0a7481be55/08/shuffle_0_224_0.data, offset=12329181, length=2104094}

群集详细信息:
Yarn:8节
总芯数:64
内存:500 gb
spark版本:1.5
spark提交声明:

spark-submit --master yarn-cluster \
                        --conf spark.dynamicAllocation.enabled=true \
                        --conf spark.shuffle.service.enabled=true \
                        --executor-memory 4g \
                        --driver-memory 16g \
                        --num-executors 50 \
                        --deploy-mode cluster \
                        --executor-cores 1 \
                        --class my.parser \
                        myparser.jar \
                        -input xxx \
                        -output xxxx \

堆栈跟踪之一:

at org.apache.spark.MapOutputTracker$$anonfun$org$apache$spark$MapOutputTracker$$convertMapStatuses$2.apply(MapOutputTracker.scala:460)
at org.apache.spark.MapOutputTracker$$anonfun$org$apache$spark$MapOutputTracker$$convertMapStatuses$2.apply(MapOutputTracker.scala:456)
at scala.collection.TraversableLike$WithFilter$$anonfun$foreach$1.apply(TraversableLike.scala:772)
at scala.collection.IndexedSeqOptimized$class.foreach(IndexedSeqOptimized.scala:33)
at scala.collection.mutable.ArrayOps$ofRef.foreach(ArrayOps.scala:108)
at scala.collection.TraversableLike$WithFilter.foreach(TraversableLike.scala:771)
at org.apache.spark.MapOutputTracker$.org$apache$spark$MapOutputTracker$$convertMapStatuses(MapOutputTracker.scala:456)
at org.apache.spark.MapOutputTracker.getMapSizesByExecutorId(MapOutputTracker.scala:183)
at org.apache.spark.shuffle.hash.HashShuffleReader.read(HashShuffleReader.scala:47)
at org.apache.spark.rdd.ShuffledRDD.compute(ShuffledRDD.scala:90)
at org.apache.spark.rdd.RDD.computeOrReadCheckpoint(RDD.scala:297)
at org.apache.spark.rdd.RDD.iterator(RDD.scala:264)
at org.apache.spark.rdd.MapPartitionsRDD.compute(MapPartitionsRDD.scala:38)
at org.apache.spark.rdd.RDD.computeOrReadCheckpoint(RDD.scala:297)
at org.apache.spark.rdd.RDD.iterator(RDD.scala:264)
at org.apache.spark.scheduler.ResultTask.runTask(ResultTask.scala:66)
at org.apache.spark.scheduler.Task.run(Task.scala:88)
at org.apache.spark.executor.Executor$TaskRunner.run(Executor.scala:214)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1142)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:617)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
vaqhlq81

vaqhlq811#

这两个例外应该分开讨论。
对于metadatafetchfailedexception,通常发生在一个执行器突然被杀死或终止时,但是这个执行器有一些shuffle输出,然后当另一个执行器尝试获取这个shuffle输出的元数据时,就会发生异常。
1) 在大多数情况下,这是由超过内存限制而被Yarn杀死的容器造成的。所以你需要在日志中再次确认。
2) 最常见的修复方法是增加memoryoverhead,默认值是0.1executor内存。这对大多数情况来说太小了。我建议把它设为0.2executor内存。如果有大量的执行者或运行另一个子进程,则需要更大的值。
对于fetchfailedexception,它通常发生在承载某个shuffle输出的一个执行器太忙或暂时死机时。这可能是由于磁盘io或网络io速度慢造成的。当你有超过1000名遗嘱执行人时,这可能很常见。
1) 你首先要检查的是这个遗嘱执行人是否真的死了。你可以在死亡执行者列表中确认这一点。然后检查那个死去的执行者的日志。
2) 当您有1000个执行器时,最坏的情况是一个执行器最多可能有1000个来自其他执行器的tcp连接,这些连接可以获取1000个不同的文件。这可能会很慢。
3) 我们可以增加重试次数和连接等待队列。您可以尝试以下配置

--conf spark.blacklist.enabled=true # blacklist bad machine
--conf spark.reducer.maxReqsInFlight=10 # limit concurrent requests from reducer 
--conf spark.shuffle.io.retryWait=10s # increase retry wait
--conf spark.shuffle.io.maxRetries=10 # increase retry times
--conf spark.shuffle.io.backLog=4096 # increase tcp connection wait queue length
3pvhb19x

3pvhb19x2#

如果所有的洗牌任务都失败了,那么可能的原因是netty的依赖冲突。从spark core中排除网络依赖对我来说很有效。

<dependency>
            <groupId>org.apache.spark</groupId>
            <artifactId>spark-core_2.10</artifactId>
            <version>${spark.version}</version>
            <exclusions>
                <exclusion>
                    <groupId>io.netty</groupId>
                    <artifactId>netty-all</artifactId>
                </exclusion>
                <exclusion>
                    <groupId>io.netty</groupId>
                    <artifactId>netty</artifactId>
                </exclusion>
            </exclusions>
        </dependency>
2eafrhcq

2eafrhcq3#

除了上面描述的内存和网络配置问题之外,值得注意的是,对于大型表(例如,这里有几个tb),org.apache.spark.shuffle.fetchfailedexception可能由于检索shuffle分区超时而发生。要解决此问题,可以设置以下选项:

SET spark.reducer.maxReqsInFlight=1;  -- Only pull one file at a time to use full network bandwidth.
SET spark.shuffle.io.retryWait=60s;  -- Increase the time to wait while retrieving shuffle partitions before retrying. Longer times are necessary for larger files.
SET spark.shuffle.io.maxRetries=10;
at0kjp5o

at0kjp5o4#

通过增加Spark超时时间,我也得到了一些好的结果 spark.network.timeout 更大的值,比如800。默认的120秒会导致很多执行者在重载时超时。

jmo0nnb3

jmo0nnb35#

这个错误几乎肯定是由执行器上的内存问题引起的。我可以想出几种方法来解决这类问题。
1) 您可以尝试使用更多分区运行(执行 repartition 在你的 dataframe ). 当一个或多个分区包含的数据超过内存容量时,通常会出现内存问题。
2) 我注意到你没有明确地设定 spark.yarn.executor.memoryOverhead ,因此它将默认为 max(386, 0.10* executorMemory) 在你的情况下是400mb。对我来说这听起来很低。我会尝试将它增加到1gb(注意,如果将memoryoverhead增加到1gb,则需要降低内存) --executor-memory 到3gb)
3) 查看失败节点上的日志文件。你想寻找文本“杀死容器”。如果你看到“运行超出物理内存限制”这段文字,根据我的经验,增加内存将解决问题。

1sbrub3j

1sbrub3j6#

好吧,这是一个旧的线程,在stackoverflow上有很多答案,但我为此错误损失了几天时间,我认为分享这个故事可能会有所帮助。
实际上有几种方法可以做到这一点。正如glennie的回答提到的,这很可能是一个内存问题,所以确保你有足够的内存来处理所有的事情。有容器内存,调幅内存,Map内存,减少内存等配置要注意。阅读本文对于找到正确的配置有很大的帮助。你应该自己选择数字,但这里有一些属性,我设置。
yarn-site.xml文件

<property>
    <name>yarn.nodemanager.resource.memory-mb</name>
    <value>32768</value>
</property>

<property>
    <name>yarn.app.mapreduce.am.resource.mb</name>
    <value>4096</value>
</property>

<property>
    <name>yarn.scheduler.minimum-allocation-mb</name>
    <value>4096</value>
</property>

mapred-site.xml文件

<property>
    <name>mapreduce.map.memory.mb</name>
    <value>4096</value>
</property>

<property>
    <name>mapreduce.reduce.memory.mb</name>
    <value>4096</value>
</property>

这些可以修复您可能遇到的其他一些错误,例如pyspark shell在启动时崩溃。但是在我的例子中,虽然一些错误消失了(比如metadatafetchfailed错误),但是问题仍然存在。确切的错误是:
org.apache.spark.shuffle.fetchfailedexception:无法连接到db-eta-c/x.x.x.x:34085
在研究了从spark超时到yarn shuffle服务的所有可能的yarn和spark属性之后,我最终意识到,在错误日志中,失败的容器正在查找 x.x.x.x ,运行时的本地(内部)ip netstat -tulpn | grep <PORT NUM> 返回y.y.y.y:34085,其中y.y.y.y是外部ip地址。这根本不是内存问题,只是网络配置问题。
spark服务仅绑定到外部接口,因为主机名与中的外部ip相关联 /etc/hosts . 在更新 /etc/hosts 文件问题已修复。
一句话:这个错误显然说明某些容器无法到达另一个容器。这通常是由于内存问题导致容器失败,但也可能是网络问题,因此也要注意这些问题,特别是在节点上有多个接口的情况下。

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