如何跨分区平衡数据?

ddrv8njm  于 2021-05-29  发布在  Hadoop
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编辑:答案很有帮助,但我在:spark中的memoryoverhead问题中描述了我的解决方案。
我有一个202092分区的rdd,它读取其他人创建的数据集。我可以手动看到分区之间的数据不平衡,例如,其中一些分区有0个图像,其他分区有4k,而平均值为432。在处理数据时,出现以下错误:

Container killed by YARN for exceeding memory limits. 16.9 GB of 16 GB physical memory used. Consider boosting spark.yarn.executor.memoryOverhead.

而记忆头已经被提升了。我觉得有些尖刺正在发生,使Yarn杀死我的容器,因为尖刺溢出指定的边界。
那么我应该怎么做才能确保我的数据在分区之间(大致)平衡呢?
我的想法是repartition()可以工作,它调用洗牌:

dataset = dataset.repartition(202092)

但我还是犯了同样的错误,尽管编程指南上有说明:
重新分区(numpartitions)
随机地重新排列rdd中的数据,创建更多或更少的分区,并在它们之间保持平衡。这总是在网络上洗牌所有数据。
看看我的玩具例子:

data = sc.parallelize([0,1,2], 3).mapPartitions(lambda x: range((x.next() + 1) * 1000))
d = data.glom().collect()
len(d[0])     # 1000
len(d[1])     # 2000
len(d[2])     # 3000
repartitioned_data = data.repartition(3)
re_d = repartitioned_data.glom().collect()
len(re_d[0])  # 1854
len(re_d[1])  # 1754
len(re_d[2])  # 2392
repartitioned_data = data.repartition(6)
re_d = repartitioned_data.glom().collect()
len(re_d[0])  # 422
len(re_d[1])  # 845
len(re_d[2])  # 1643
len(re_d[3])  # 1332
len(re_d[4])  # 1547
len(re_d[5])  # 211
repartitioned_data = data.repartition(12)
re_d = repartitioned_data.glom().collect()
len(re_d[0])  # 132
len(re_d[1])  # 265
len(re_d[2])  # 530
len(re_d[3])  # 1060
len(re_d[4])  # 1025
len(re_d[5])  # 145
len(re_d[6])  # 290
len(re_d[7])  # 580
len(re_d[8])  # 1113
len(re_d[9])  # 272
len(re_d[10]) # 522
len(re_d[11]) # 66
66bbxpm5

66bbxpm51#

内存开销限制超过这个问题,我认为是由于在获取过程中使用了directmemory缓冲区。我想它是在2.0.0中修复的(我们也遇到了同样的问题,但是当我们发现升级到2.0.0解决了这个问题时,我们就不再深入挖掘了。不幸的是,我没有spark发行号来支持我。)
不平整的隔墙 repartition 令人惊讶。对比https://github.com/apache/spark/blob/v2.0.0/core/src/main/scala/org/apache/spark/rdd/rdd.scala#l443. spark甚至会在中生成随机键 repartition ,因此不能使用可能有偏差的散列。
我尝试了你的例子,得到了与spark 1.6.2和spark 2.0.0完全相同的结果。但不是来自斯卡拉 spark-shell :

scala> val data = sc.parallelize(1 to 3, 3).mapPartitions { it => (1 to it.next * 1000).iterator }
data: org.apache.spark.rdd.RDD[Int] = MapPartitionsRDD[6] at mapPartitions at <console>:24

scala> data.mapPartitions { it => Iterator(it.toSeq.size) }.collect.toSeq
res1: Seq[Int] = WrappedArray(1000, 2000, 3000)

scala> data.repartition(3).mapPartitions { it => Iterator(it.toSeq.size) }.collect.toSeq
res2: Seq[Int] = WrappedArray(1999, 2001, 2000)

scala> data.repartition(6).mapPartitions { it => Iterator(it.toSeq.size) }.collect.toSeq
res3: Seq[Int] = WrappedArray(999, 1000, 1000, 1000, 1001, 1000)

scala> data.repartition(12).mapPartitions { it => Iterator(it.toSeq.size) }.collect.toSeq
res4: Seq[Int] = WrappedArray(500, 501, 501, 501, 501, 500, 499, 499, 499, 499, 500, 500)

好漂亮的隔板!
(抱歉,这不是完整答案。我只是想分享我目前的发现。)

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