好的，这是解决办法。

@Configuration
public class ApplicationConfiguration {
    @Value("${com.domain.app.hadoop.fs-uri}")
    private URI hdfsUri;

    @Value("${com.domain.app.hadoop.user}")
    private String user;

    @Value("${com.domain.app.hadoop.hive.jdbc-uri}")
    private String hiveUri;

    @Autowired
    private org.apache.hadoop.conf.Configuration hadoopConfiguration;

    @Bean
    public org.apache.hadoop.conf.Configuration hadoopConfiguration() {
        return new org.apache.hadoop.conf.Configuration();
    }

    @Bean
    public HdfsResourceLoader hdfsResourceLoader() {
        return new HdfsResourceLoader(hadoopConfiguration, hdfsUri, user);
    }

    @Bean
    public HiveTemplate hiveTemplate() {
        return new HiveTemplate(() -> {
            final SimpleDriverDataSource dataSource = new SimpleDriverDataSource(new HiveDriver(), hiveUri);
            return new HiveClient(dataSource);
        });
    }
}

下面的配置文件。

com.domain.app.hadoop:
  fs-uri: "hdfs://hadoop-cluster/"
  user: "hdfs-user"
  hive.jdbc-uri: "jdbc:hive2://hadoop-cluster:10000/hive-db"

我已经将hadoop配置对象设置为bean，因为我需要将它注入其中一个类中。如果不需要bean，可以自己创建新示例。