通过在方法签名中抛出异常，您基本上会导致整个Map程序在遇到单个“坏”数据行时停止。实际上，您要做的是让Map器忽略该行数据，但继续处理其他行。
你应该检查一下 word[] 紧接着 split() . 如果不够长，请停止处理该行。你还需要检查一下 month 以及 temp 提取后有效。怎么样：

String [] word = line.split(",");
if (word == null || word.length < 6) {
    break;
}

String month = word[3];
if (month != null) {
    break;
}

String temp = word[5];

if (temp != null && temp.length() > 1 && temp.length() < 5) {
    try {
        Double avgtemp = Double.parseDouble(temp);
    } catch (NumberFormatException ex) {
        //Log that you've seen a dodgy temperature
        break;
    }
    output.collect(new Text(month), new DoubleWritable(avgtemp));
}

在mapreduce作业中验证数据是非常重要的，因为您永远无法保证您将得到什么作为输入。
你也可以看看apachecommons StringUtils 以及 ArrayUtils 类-它们提供如下方法 StringUtils.isEmpty(temp) 以及 ArrayUtils.isEmpty(word) 那会把上面的东西整理干净的。

我建议改用自定义计数器，每次找到空单元格时，计数器都会增加。这将为您提供数据中存在多少这样的行的图片。除其他一些效率改进外，我的建议如下：

import java.io.IOException;  //do you still need this?
import java.util.*;

import org.apache.hadoop.io.*;
import org.apache.hadoop.mapred.*;

public class AvgMaxTempMapper extends MapReduceBase implements Mapper<LongWritable, Text, Text, DoubleWritable> {

  public static enum STATS {MISSING_VALUE};
  private Text outKey = new Text();
  private DoubleWritable outValue = new DoubleWritable();      

  public void map(LongWritable key, Text value, OutputCollector<Text, DoubleWritable> output, Reporter reporter) throws IOException {

    String line = value.toString();

    if(line.matches(".*\\d+.*"));
        String [] word = line.split(",");
        if (word.length < 6) { //or whatever else you consider expected
            reporter.incrCounter(STATS.MISSING_VALUE,1); //you can also print/log an error message if you like                
            return;
        }
        String month = word[3];
        String temp = word[5];
        if (temp.length() > 1 && temp.length() < 5){
            Double avgtemp = Double.parseDouble(temp);                  
            outKey.set(month);
            outValue.set(avgtemp);
            output.collect(outKey, outValue);
        } //you were missing this '}'
    }
  }

}