我在下面的解决方案中使用mysql，但是其他数据库也应该使用同样的方法。
在hdfs上创建以下平面文件：

$ hadoop fs -cat sqoop_export
W1, X1, Y1, Z1
W2, X2, Y2, Z2
W3, X3, Y3, Z3

在mysql中创建两个表：

mysql> create table A (col1 VARCHAR(20), col2 VARCHAR(20));
Query OK, 0 rows affected (0.08 sec)

mysql> create table B (col3 VARCHAR(20), col4 VARCHAR(20));
Query OK, 0 rows affected (0.01 sec)

然后创建一个存储过程，该过程接受四个输入值，然后将前两个值插入第一个表，最后两个值插入第二个表：

mysql> delimiter //
mysql> CREATE PROCEDURE insert_two_tables (IN c1 VARCHAR(20), IN c2 VARCHAR(20), IN c3 VARCHAR(20), IN c4 VARCHAR(20)) BEGIN INSERT INTO A(col1, col2) VALUES(c1, c2); INSERT INTO B(col3, col4) VALUES(c3, c4); END//
Query OK, 0 rows affected (0.04 sec)

现在使用sqoop export，但不指定表名，而是使用--call选项调用上面创建的存储过程：

$ sqoop export --connect jdbc:mysql://localhost/sqoop_export --username xyz --password test --call insert_two_tables --export-dir sqoop_export

导出过程成功完成：

14/03/24 17:52:53 INFO mapred.JobClient:     Physical memory (bytes) snapshot=668643328
14/03/24 17:52:53 INFO mapred.JobClient:     Virtual memory (bytes) snapshot=7584153600
14/03/24 17:52:53 INFO mapred.JobClient:     Total committed heap usage (bytes)=1175584768
14/03/24 17:52:53 INFO mapreduce.ExportJobBase: Transferred 691 bytes in 16.8329 seconds (41.0506 bytes/sec)
14/03/24 17:52:53 INFO mapreduce.ExportJobBase: Exported 3 records

现在验证这两个表是否有我们要查找的数据：

mysql> select * from A;
+------+------+
| col1 | col2 |
+------+------+
| W3   |  X3  |
| W2   |  X2  |
| W1   |  X1  |
+------+------+
3 rows in set (0.00 sec)

mysql> select * from B;
+------+------+
| col3 | col4 |
+------+------+
|  Y3  |  Z3  |
|  Y2  |  Z2  |
|  Y1  |  Z1  |
+------+------+
3 rows in set (0.00 sec)

所以使用存储过程，hdfs上的一个平面文件可以导出到数据库上的多个表中。
如果您不想使用存储过程，那么另一种方法是使用pig在hdfs上创建两个平面文件—一个有col1，col2，另一个有col3，col4。然后，您可以对每个平面文件分别执行两个sqoop导出，将其导出到数据库中相应的表中。
sqoop export features--columns选项，但这仅在数据库端相对于hdfs上的平面文件有更多列时才有用。另一方面，似乎需要存储过程。根据sqoop-749，在sqoop版本1.4.3和更高版本中，可以在不指定表的情况下调用存储过程。我在上面的例子中使用了hadoop2.0.0和sqoop1.4.3。

容易的！只需使用pig将数据拆分为两个关系：

-- given A:
A = 
col1 col2 col3 col4
.... .... .... ....
.... .... .... ....

-- split into two relations:
Acols1_and_2 = FOREACH A GENERATE col1, col2;
Acols3_and_4 = FOREACH A GENERATE col3, col4;

-- store those relations in HDFS
...

然后运行sqoop导出两次，每个关系一次。