带有hadoop流的bwa工具

e0bqpujr 于 2021-06-03 发布在 Hadoop

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burrows wheeler aligner（bwa），一种将短核苷酸序列Map到参考基因组的生物信息学工具（算法）。我曾尝试使用hadoop流运行bwa，但出现了错误。
命令：

hadoop/bin/hadoop jar $HADOOP_HOME/contrib/streaming/hadoop-streaming-1.1.1.jar -input /user/hduser/bwainput/chr21.fa -output /user/hduser/bwa_output17 -mapper "/home/hduser/Desktop/bwa-0.7.5a/bwa index /user/hduser/bwainput/chr21.fa" -file /home/hduser/Desktop/bwa_input/chr21.fa

错误消息：

INFO streaming.StreamJob: Tracking URL: /ubuntu:50030/jobdetails.jsp?jobid=job_201401230236_0007
ERROR streaming.StreamJob: Job not successful.
Error: # of failed Map Tasks exceeded allowed limit. FailedCount:1
INFO streaming.StreamJob: killJob...

请建议如何解决这个问题？谢谢你的帮助。

hadoop mapreduce hadoop-streaming burrows-wheeler-transform

来源：https://stackoverflow.com/questions/21301204/bwa-tool-with-hadoop-streaming

1条答案

按热度按时间

yfwxisqw1#

通过以下命令，可以使用hadoop流运行bwamem工具

hduser@ubuntu:~/apps/hadoop$ bin/hadoop jar $HADOOP_HOME/contrib/streaming/hadoop-streaming-1.1.1.jar -input /user/hduser/fastq/ERR091571.fastq -output 

/user/hduser/bwa_output33 -mapper 'bwa mem -p s_suis.fa -' -reducer 'cat' -file bwa -file s_suis.fa -file s_suis.fa.amb -file s_suis.fa.ann -file s_suis.fa.bwt -file s_suis.fa.pac -file s_suis.fa.sa -numReduceTasks 1

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