从钥匙开始 SELECT :

SELECT  post_id
            from  
            (
                SELECT  *
                    from  wp_postmeta
            ) AS X
            where  meta_key = 'attribute_pa_beden'
              and  meta_value in (".$size.")
              and  post_id in (
                SELECT  post_id
                    from  
                    (
                        SELECT  *
                            from  wp_postmeta
                    ) AS Y
                    where  meta_key = 'attribute_pa_renk'
                      and  ((meta_value = '".$color."')
                              OR  ('".$color."' = 'all_colors'))
                          )
              and  post_id in (
                SELECT  id
                    from  wp_posts
                    where  post_type = 'product_variation'
                      and  post_parent in (
                        SELECT  object_id
                            FROM  wp_term_relationships
                            where  term_taxonomy_id in (".$urun."))) 
                      )";

是的，我知道你需要“躲起来” wp_postmeta 从 UPDATE wp_postmeta ，但我们可以重新安排，使之更有效率。请注意，您有两个获取整个 wp_postmeta 过滤前？这使得不可能使用任何索引，因此是slooow。

SELECT m1.post_id
    FROM wp_postmeta AS m1
    JOIN wp_postmeta AS m2  USING(post_id)
    JOIN wp_posts    AS p2  USING(post_id)
    JOIN wp_term_relationships AS tr  ON p2.post_parent = tr.object_id
    WHERE m1.meta_key = 'attribute_pa_beden' AND   m1.meta_value in ("$size")
      AND m2.meta_key = 'attribute_pa_renk'  AND ( m1.meta_value = '$color'
                                                   OR '$color' = 'all_colors' )
      AND p2.post_type = 'product_variation'
      AND tr.term_taxonomy_id IN ($urun)

忘了那个吧 UPDATE 直到你得到这个 SELECT 已调试(我可能犯了一些错误，但看起来不是简单多了吗？它将运行得更快，尤其是使用我推荐的索引时。）
这个 OR 颜色可能会优化出来，所以我不会担心。
我无法预测优化器将从4个表中的哪一个开始，因此需要这些索引来为它提供选择：

tr:  (term_taxonomy_id, object_id)  -- in this order
posts:  (post_type, post_id)        -- in this order
postmeta:  (meta_key, meta_value)   -- see note below

在优化器选择从哪个表开始之后，它将依次转到其他每个表；订单对我们来说无关紧要。这些附加索引可能有用：

posts:   (post_parent, post_id)        -- in this order
postmeta:  (post_id, meta_key, meta_value)   -- see note below

如果 meta_value 是 LONGTEXT ，则它不能在索引中，因此请将其忽略(不，不用麻烦用“前缀”索引。）
如果您使用的是MySQL5.5或5.6， meta_key 太长，无法作为索引；请参阅我的多个解决方法链接。
eav模式很糟糕，你正在找出原因。
回到狼窝 UPDATE ，添加 Package ：

UPDATE wp_postmeta AS m
    JOIN  ( SELECT post_id
              FROM ( the above query )
          ) AS kludge  USING (post_id)
    SET   m.meta_value = 'outofstock'
    WHERE m.meta_key = '_stock_status'

SELECT  post_id
            from  
            (
                SELECT  *
                    from  wp_postmeta
            ) AS X
            where  ...

-->

SELECT post_id 
            FROM wp_postmeta
            WHERE ...

（子查询只会减慢速度。）

and  post_id in (
                SELECT  post_id

而不是 IN ( SELECT ... ) ，使用 JOIN .
除了这些技巧之外，请参阅我关于改进posmeta模式的技巧。