为了你自己的利益，不要这样存储数据。到目前为止，这类问题并不是你将遇到的最大问题。
也就是说，您可以使用以下方法解决您的问题：

UPDATE TABLE
SET COLUMN = REPLACE (COLUMN, ',1003,', ',')
WHERE ID = PK;

即使这样也行：

update tablename set column=(select 
   substr(column,1,instr(colname,',',2))||susbtr(column,instr(column,',',3),length(column)- 
   instr(column,',',3)) from tablename where id=value;