你走对了方向。自定义部署脚本应执行以下操作：
http://blog.amitapple.com/post/38417491924/azurewebsitecustomdeploymentpart1
https://github.com/projectkudu/kudu/wiki/custom-deployment-script
在kudu，你不会安装azurepowershell，所以你必须从密钥库中提取证书。
更新：azure函数确实安装了azure rm cmdlet。您可以在powershell中编写一个函数应用程序，从密钥库中提取证书。使用服务主体 Login-AzureRmAccount 无人看管。
实现这一点所需的秘密应该保存在应用程序设置中。它们作为环境变量在Kudu向您公开：https://azure.microsoft.com/en-gb/documentation/articles/web-sites-configure/

应用程序设置

此部分包含web应用程序启动时将加载的名称/值对。对于.net应用程序，这些设置将在运行时注入到.net配置appsettings中，并覆盖现有设置。
php、python、java和node应用程序可以在运行时作为环境变量访问这些设置。对于每个应用程序设置，创建两个环境变量；一个名称由app setting条目指定，另一个前缀为appsetting。两者包含相同的值。
或者，您可以从应用服务商店（“我的”商店）中提取证书。方法如下：
从https://azure.microsoft.com/en-us/blog/using-certificates-in-azure-websites-applications/:
添加名为website\u load\u certificates的应用程序设置，并将其值设置为证书的指纹，将使您的web应用程序可以访问该设置。可以有多个逗号分隔的指纹值，也可以将此值设置为*在这种情况下，所有证书都将加载到web应用程序个人证书存储中。

using System;
using System.Security.Cryptography.X509Certificates;

namespace UseCertificateInAzureWebsiteApp
{
  class Program
  {
    static void Main(string[] args)
    {
      X509Store certStore = new X509Store(StoreName.My, StoreLocation.CurrentUser);
      certStore.Open(OpenFlags.ReadOnly);
      X509Certificate2Collection certCollection = certStore.Certificates.Find(
                                 X509FindType.FindByThumbprint,
                                 // Replace below with your cert's thumbprint
                                 “E661583E8FABEF4C0BEF694CBC41C28FB81CD870”,
                                 false);
      // Get the first cert with the thumbprint
      if (certCollection.Count > 0)
      {
        X509Certificate2 cert = certCollection[0];
        // Use certificate
        Console.WriteLine(cert.FriendlyName);
      }
      certStore.Close();
    }
  }
}

没有为您进行证书验证。您需要通过与应用程序设置或密钥库中存储的值进行比较，自己实现这一点。