javascript将在客户端而不是服务器上执行。这意味着 foo 不会在服务器端计算，因此无法将其值写入服务器上的文件。
考虑这个过程的最佳方法是，将其视为动态生成文本文件。您生成的文本只有在浏览器解释后才成为可执行代码。只有你所说的 <?php 在服务器上评估标记。
顺便说一句，养成在html或javascript中嵌入随机php逻辑片段的习惯会导致严重的代码复杂化。我是从痛苦的经历说起的。

在web应用程序中，每个任务都以请求和响应的方式执行。
客户端编程是用带有java脚本及其框架的html代码，库在internetexplorer、mozilla、chrome浏览器中执行。在java场景中，服务器端编程servlet在tomcat、web logic、j boss、websphere服务器中执行

您的代码被分成两个完全独立的部分，服务器端和客户端。

|
               ---------->
              HTTP request
                    |
+--------------+    |    +--------------+
|              |    |    |              |
|    browser   |    |    |  web  server |
| (JavaScript) |    |    |  (PHP etc.)  |
|              |    |    |              |
+--------------+    |    +--------------+
                    |
  client side       |      server side
                    |
               <----------
          HTML, CSS, JavaScript
                    |

双方通过http请求和响应进行通信。php在服务器上执行，并输出一些html和javascript代码，作为对客户端的响应发送给客户端，在客户端解释html并执行javascript。一旦php输出完响应，脚本就结束了，在新的http请求到来之前，服务器上不会发生任何事情。
示例代码的执行方式如下：

<script type="text/javascript">
    var foo = 'bar';
    <?php
        file_put_contents('foo.txt', ' + foo + ');
    ?>

    var baz = <?php echo 42; ?>;
    alert(baz);
</script>

第一步，php执行 <?php ?> 标签。结果是：

<script type="text/javascript">
    var foo = 'bar';

    var baz = 42;
    alert(baz);
</script>

这个 file_put_contents 调用没有产生任何结果，它只是将“+foo+”写入一个文件。这个 <?php echo 42; ?> 调用产生了输出“42”，它现在位于代码原来所在的位置。
产生的html/javascript代码现在被发送到客户机，在那里进行计算。这个 alert 呼叫工作，而 foo 变量未在任何地方使用。
在客户端开始执行任何javascript之前，所有php代码都会在服务器上执行。响应中没有php代码可以让javascript与之交互。
要调用一些php代码，客户端必须向服务器发送一个新的http请求。这可以通过以下三种方法之一实现：
使浏览器加载新页面的链接。
表单提交，将数据提交到服务器并加载新页面。
ajax请求，这是一种javascript技术，用于向服务器发出常规http请求（如1。和2。将），但不离开当前页。
下面是一个更详细地概述这些方法的问题
您还可以使用javascript使浏览器使用 window.location 或者提交一个表格，模拟可能性1。和2。

要确定为什么php代码不能在javascript代码中工作，我们需要了解什么是客户端和服务器端语言，以及它们是如何工作的。
服务器端语言（php等）：它们从数据库中检索记录，通过无状态http连接维护状态，并执行许多需要安全性的操作。它们驻留在服务器上，这些程序从不向用户公开其源代码。

图像属性
因此，您可以很容易地看到服务器端语言处理http请求并对其进行处理，正如@deceze所说，php在服务器上执行并输出一些html，可能还有javascript代码，这些代码作为响应发送给客户端，在客户端解释html并执行javascript。
另一方面，客户端语言（如javascript）驻留在浏览器中并在浏览器中运行。客户端脚本通常是指由用户的web浏览器在客户端而不是服务器端执行的web上的计算机程序类。
javascript对用户是可见的，并且可以很容易地修改，因此对于安全性方面，我们不能依赖javascript。
因此，当您在服务器上发出http请求时，服务器首先仔细阅读php文件以查看是否有任何需要执行的任务，然后向客户端发送响应。同样，正如@deceze所说，一旦php输出完响应，脚本就结束了，在新的http请求到来之前，服务器上不会发生任何事情

图像源
那么现在如果我需要调用php怎么办呢？这取决于您需要如何做：要么重新加载页面，要么使用ajax调用。
您可以通过重新加载页面并发送http请求来完成
您可以使用javascript进行ajax调用—这不需要重新加载页面
读得好：
维基百科：服务器端脚本
维基百科：客户端脚本
madara uchiha：客户端和服务器端编程的区别