不确定您对这段代码的确切要求是什么，但您的查询效率似乎很低。您运行的查询太多，每个查询只能获取一行。

select id from shipment Limit 1 OFFSET 0
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 1
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 2
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 3
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 4
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 5
    ...

你自己试试看

//$link=  mysqli_connect("localhost","root","","example");
//if (mysqli_connect_error()) {
//    echo "error";
//}
$rows=array();
$count=0;
for( $J=0; $J<=3; $J++) {
    $count = $count + 10;
    for($i=1;$i<=$count;$i++) {
         $offset_var=$i-1;
         $query="select id from shipment Limit 1 OFFSET " . $offset_var;
         //$result=  mysqli_query($link, $query);
         //while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) {
         //    $rows[]= $row;
         //}
         echo $query."\n";
    }
}
//mysqli_close($connection);
//echo "<pre>";print_r($rows);echo "</pre>";

如果要运行查询以每页/查询获得4000个结果？
接下来的代码将在26个查询中实现这一点

$link=  mysqli_connect("localhost","root","","example");
if (mysqli_connect_error()) {
    echo "error";
}
$rows=array();
$page_size=4000;
$total_records=100000;

$count=ceil($total_records/$page_size);
for($i=0; $i<=$count; $i++) {
   $offset_var = $i * $page_size;
   $query = "select id from shipment Limit ".$page_size." OFFSET ".$offset_var;
   $result=  mysqli_query($link, $query);
     while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) {
       $rows[]= $row;
     }
}
mysqli_close($connection);
echo "<pre>";print_r($rows);echo "</pre>";

更新 max_execution_time 在php.ini中设置为600秒
或者你也可以用php更新它。

ini_set('max_execution_time', 600);

在这里 600 时间单位为秒/10分钟。

使用下面的函数。

set_time_limit(0);

最长执行时间，以秒为单位。如果设置为零，则不施加时间限制。
欲了解更多信息，请访问此链接设置\时间\限制。

根据你table的大小，听起来你只是没有足够的时间把10万行带回来。
尝试增加执行时间限制？

ini_set('max_execution_time', 300);

这将给它5分钟的执行时间。

默认情况下，php脚本的最大执行时间设置为30秒。如果脚本运行时间超过30秒，php会停止脚本并报告错误。您可以通过更改php.ini文件中的max\u execution\u time指令来控制php允许脚本运行的时间量。
要更改最大执行时间，请使用文本编辑器修改php.ini文件中的max\ u execution\ u time指令。例如，要将最大执行时间设置为600秒（10分钟），请使用以下设置：

max_execution_time = 600

此修改必须在php.ini文件中完成