每当您刷新页面时，您都在重新提交post变量，因此php仍然运行。此外，您的查询还有sql注入的危险。考虑使用pdo。

重新加载页面时，浏览器会要求您重新提交请求，因此值会再次传输。因此，在插入数据时设置一个条件，以检查记录是否已经存在。

如前所述（我个人理解），每次刷新页面时，都会再次发送请求。请注意，我忘了，谢谢你@adyson。
因此，一个解决方案是在插入之后将用户重定向到相同的表单。
假设此文件为test.php，例如：

if (isset($_POST["insert1"])) { 
    $inrtno = $_POST["inrouteno"];
    $instp = $_POST["instop"];

    if ($inrtno !=''||$instp !='') {
        $query = mysqli_query($datacon,"REPLACE INTO `stops`(`sn`, `routeno`, `stop`) VALUES ('NULL','$inrtno','$instp')");
        echo "<script type='text/javascript'>alert('Insertion Successful !!!')</script>";

        sleep('3');
        header('Location: /test.php');
        exit();
    } else {
        echo "<p>Insertion Failed <br/> Some Fields are Blank....!!</p>";   
    }
}