我强烈建议不要把两个不同的项目和一个数据库搞得一团糟。如果你需要这样做，那么简单地让一个成为你做修改的原则“主人”，只有在那里运行schema:update. 比这更好，更优雅的方式，将是创建一个供应商，您可以导入与 composer ，它是您的供应商。这将管理所有的数据库/存储库，并且您可以将它重新用于许多只在一个地方有代码的不同项目。
这将解决这个问题，并修复我认为您做得不对的地方：让重复的实体指向相同的db结构，这将始终是一个痛苦的维护，而且它不能很好地处理kiss原则和代码复制。

如果您不能像jason建议的那样通过composer使用共享项目包含orm定义，那么您可以创建一个regex来过滤每个应用程序应该关注哪些表。
zend expressive示例：

/**
 * @var \Doctrine\ORM\EntityManager $em
 */
$em = $container->get('doctrine.entity_manager.orm_default'); // substitute with how you get your entity manager 
$filter = 'crm_user|other_table|another_table';
$em->getConnection()
   ->getConfiguration()
   ->setFilterSchemaAssetsExpression('/'.$filter.'/');

动态。。。

/**
 * @var \Doctrine\ORM\EntityManager $em
 */
$em = $container->get('doctrine.entity_manager.orm_default');
$metadata = $em->getMetadataFactory()->getAllMetadata();
if(!empty($metadata)){
    $filter = '';
    /**
     * @var \Doctrine\ORM\Mapping\ClassMetadata $metadatum
     */
    foreach($metadata as $metadatum){
        $filter .= ($metadatum->getTableName().'|');
        $assocMappings = $metadatum->getAssociationMappings();
        if(!empty($assocMappings)){
            // need to scoop up manyToMany association table names too
            foreach($assocMappings as $fieldName => $associationData){
                if(isset($associationData['joinTable'])){
                    $joinTableData = $associationData['joinTable'];
                    if(isset($joinTableData['name']) && strpos($filter, $joinTableData['name']) === false){
                        $filter .= ($joinTableData['name'].'|');
                    }
                }
            }
        }
    }
    $filter = rtrim($filter, '|');
    $em->getConnection()->getConfiguration()
        ->setFilterSchemaAssetsExpression('/'.$filter.'/');
}