坏的：

id Mon  Tue   Wed
 1  12    27    8
 2  19    26    4
 3  12  NULL    7

好的：

id day value
  1 Mon    12
  1 Tue    27
  1 Wed     8
  2 Mon    19
  2 Tue    26
  2 Wed     4
  3 Mon    12
  3 Wed     7

这将导致3列和大约1500万行。
3列和1500万行将比1096列和14000行更易于管理。

1096列当然不是一个好主意，尤其是如果数据的列是可变的，并且您希望稍后处理具有不同列的文件。拥有大量的固定列将是一种非常不灵活的数据存储方式。
如果每一列都是一天，每一行都是某种度量值，那么您可以尝试将数据存储在一个包含3列的表中：date、measure、value。有了这样一个表，每个日期度量值三元组（csv文件中的每个“单元格”）将有一行。这使得表格非常灵活，可以添加新的天数和/或度量。
但是，如果您想进行任何类型的分析（包括将数据显示为图表），您将面临将数据重新连接到与初始csv相同的表格结构的问题。对于非常大的数据集来说，这确实是一个性能瓶颈，因为它是在o（x*y）时间内解决的，其中x是行数，y是列数。我对mysql没有太多的经验，但是在过去我对postgresql的交叉表功能有很好的经验来完成这种重构。
这只是一种方法，您必须进行大量的实验才能获得最佳性能。您也可以查看nosql选项。正如已经说过的，确实没有一个正确的答案。

1096列相当大。问题是，csv高度非规范化了吗？有表示相同数据的列吗？如果是这样，则可以为每组重复列创建一个表。这将减少列计数，但增加表计数。
mysql允许每行的最大大小为65535字节。这意味着每列的平均大小不能大于59.79字节。
将数据拆分为每行一个文本列可能是可行的，但您将无法对数据进行任何分析。但是，如果将其转换为json，则可以将其存储在mongodb或postgresql数据库中。
你的问题没有一个正确的答案。