假设您可以添加有用的索引（这将有助于您的一些检查），那么可以尝试尽早排除行。
我怀疑表1中每列5/6的组合都有相当多的行。如果您能尽早获得其中每一个的最新信息（即，使用您加入的子查询），那么您就可以在需要检查任何未编入索引的where子句之前从表1中排除大多数行。您还可以通过对表3上的子查询执行进一步的联接来排除其中的一些查询。
没有测试，但如果我对你的数据库结构的假设是正确的，那么这可能是一个即时消息provement:-

SELECT table1.* 
FROM 
(
    SELECT MAX(table1.id) AS max_id
    FROM table1 
    INNER JOIN 
    (
        SELECT DISTINCT column1, column2 
        FROM table3
        WHERE table3.column3 IN ('A', 'B')
        AND DATE_FORMAT(timstampColumn, '%Y/%m/%d') > DATE_ADD(CURRENT_DATE, INTERVAL - 28 DAY)
    ) sub0_0
    ON table1.column5 = sub0_0.column1
    AND  table1.column6 = sub0_0.column2
    WHERE (table1.cloumn1 LIKE 'A%' OR table1.cloumn1 LIKE 'B%')
    AND table1.cloumn2 = 'N'
    AND table1.cloumn3 != 'Y'
    GROUP BY table1.column5,
            table1.column6
) sub0
INNER JOIN table1
ON table1.id = sub0.max_id
INNER JOIN
(
    SELECT DISTINCT column1 
    FROM table2
    WHERE column2 IN ('VALUE1', 'VALUE2') 
    AND (SUBSTRING(column3,6,1) = 'Y' 
    OR SUBSTRING(column3,25,1) = 'Y')
) sub1
ON table1.column4 = sub1.column1

（这可能有助于 SHOW CREATE TABLE .)

AND  DATE_FORMAT(timstampColumn, '%Y/%m/%d') > DATE_ADD(CURRENT_DATE,
            INTERVAL - 28 DAY))

不能使用索引；这可能相当于：

AND  timstampColumn > CURRENT_DATE - INTERVAL 28 DAY

请提供 EXPLAIN .
你用的是什么版本？
它可能（依赖于版本）有助于 IN ( SELECT ... ) “派生”表中的子句：

JOIN ( SELECT ... ) ON ...
``` `WHERE (x,y) IN ...` 没有得到很好的优化。它们是什么类型的值？
使用*\u ci排序规则，

UPPER(LEFT(table1.cloumn1, 1)) IN ('A', 'B')

可以做到：

LEFT(table1.cloumn1, 1) IN ('A', 'B')

这对性能没有明显的帮助。最好不要为了测试而拆开柱子。
这可能会使用一个包含 `cloumn1` :

table1.cloumn1 >= 'A'
AND table1.cloumn1 < 'C'

事情的顺序和他们在一起很少有关系。中的顺序 `INDEX` 会有很大的不同。