hive优化了简单的查询，比如 select count(*) 使用统计数据。如果设置了此属性：

set hive.compute.query.using.stats=true;

然后，配置单元将从元数据中存储的统计信息中获取计数。
用新文件替换文件时，统计信息保持不变。当您删除分区时，所有相关的统计信息也被删除，这就是为什么您在重新创建分区后得到正确的计数。
另请参阅此答案：配置单元select count（）non null返回的值高于select count（）— predicate 防止在这种情况下使用统计信息。
这种行为是意料之中的。你也可以

set hive.compute.query.using.stats=false;

若要关闭查询结果计算的统计信息使用，分区会有效地执行相同的操作，因为它删除了统计信息，这就是为什么不使用统计信息并扫描文件的原因。
或者，您可以分析表以更新统计信息，并将上述参数设置为true，以便下次执行简单聚合时，它将快速工作：

ANALYZE TABLE tablename [PARTITION(partcol1[=val1], partcol2[=val2], ...)]  
  COMPUTE STATISTICS

对于只有50条记录的小文件，性能差别并不大。但最好更新统计信息，优化器也可以使用它来构建最佳查询计划。
更多细节：分析表
如果你用 INSERT OVERWRITE ，您可以启用统计信息自动收集：

set hive.stats.autogather=true;