@riggsfully提供了关于准备好的参数化语句和事务的最佳建议，因为它具有可重用性和安全性，但是如果您想/需要继续使用它的话 mysqli_multi_query ，（因为您不想在项目中期过渡到新的查询流程，或者因为它对您没有吸引力）下面是 mysqli_multi_query 我们可以为您服务：
查询组合：
如果设定值保持不变 id 的不同，所有更新查询都可以合并到单个查询中。如果这些值是静态的，那么可以使用implode（），如果不是，那么可以选择在单个查询的set子句中使用（verbose/ught）case语句，或者在原始post中创建多个update查询。

$queries="UPDATE `stock` SET `signature_id`=0,`user_id`=0,`status_id`=1 WHERE `id` IN (".implode(',',$check_list).");";

同样，对于insert查询，它们都可以通过implode（）或foreach循环合并到一个语句中，foreach循环只扩展值部分。

$queries.="INSERT INTO `returned` (`stock_id`,`signature_id`,`user_id`,`timestamp`) VALUES ('".implode("','$id','$user_id',now()),('",$check_list)."','$id','$user_id',now());";

或

$queries.="INSERT INTO `returned` (`stock_id`,`signature_id`,`user_id`,`timestamp`) VALUES ";
foreach($check_list as $k=>$check_list){
    // manipulate $id and $user_id as needed
    $queries.=($k==0?"":",")."('$check_list','$id','$user_id',now())";
}

故障意识：
如果您不需要任何类型的成功迹象，那么一行代码就可以了（当然，不要让它出现在任何循环之外）：

mysqli_multi_query($conn,$queries)

否则，您将需要稍大一点的代码块：

if(mysqli_multi_query($conn,$queries)){
    do{
        echo "<br>Rows = ",mysqli_affected_rows($conn);
    } while(mysqli_more_results($conn) && mysqli_next_result($conn));
}
if($mysqli_error=mysqli_error($conn)){
    echo "<br>Syntax Error: $mysqli_error";
}

我已经对这两个查询使用implode（）测试了我的解决方案，并成功地使用了：

$check_list=array(1,3,5,6,10,11);

数据库设置为：

CREATE TABLE `stock` (
    id int(10) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
    signature_id int(10) NOT NULL,
    user_id int(10) NOT NULL,
    status_id int(10) NOT NULL,
    PRIMARY KEY (id)
);

CREATE TABLE `returned` (
    id int(10) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
    stock_id int(10) NOT NULL,
    signature_id int(10) NOT NULL,
    user_id int(10) NOT NULL,
    `timestamp` datetime NOT NULL,
    PRIMARY KEY (id)
);

/* Declaring your `id` columns with AUTO_INCREMENT means you can omit them from your INSERT query. */
/* Depending on your mysql version, creating a default datetime for `timestamp` may be possible which then would permit omitting `timestamp` from your INSERT query too. */

INSERT INTO `stock` (`signature_id`,`user_id`,`status_id`) VALUES
    (1,1,1),
    (2,2,2),
    (3,3,3),
    (4,4,4),
    (5,5,5),
    (6,6,6),
    (7,7,7),
    (8,8,8),
    (9,9,9),
    (10,10,10),
    (11,11,11),
    (12,12,12);

生成的查询如下所示：

UPDATE `stock` SET `signature_id`=0,`user_id`=0,`status_id`=1 WHERE `id` IN (1,3,5,6,10,11);INSERT INTO `returned` (`stock_id`,`signature_id`,`user_id`,`timestamp`) VALUES ('1','','',now()),('3','','',now()),('5','','',now()),('6','','',now()),('10','','',now()),('11','','',now());