这是你的另一个选择。这会将船和坐标收集到一个map<string，list>中，其中string键保存“board”或ship name，并且列表包含具有坐标或网格大小的数组数组。

public static void ReadFile(File f) throws FileNotFoundException {
    Scanner scanner = new Scanner(f);
    int lineNumber = 1;
    Map<String, List> gameData = new HashMap<>();
    List board = new ArrayList();

    while (scanner.hasNextLine()) {
      String line = scanner.nextLine();
      if (lineNumber == 1) {
        String[] gridSize = { line };
        gameData.put("boardSize", Arrays.asList(gridSize));
        lineNumber++;
        continue;

      }
      List<String> values = Arrays.asList(line.split(";"));
      List<String[]> coordinates = new ArrayList();
      values.subList(1, values.size()).forEach(in -> {
        coordinates.add(in.split("(?<![*])[*](?![*])"));
      });
      gameData.put(values.get(0), coordinates);
      lineNumber++;
    }

    gameData.forEach((k, v) -> {
      System.out.print(k);
      System.out.println(Arrays.deepToString(v.toArray()));
    });
    scanner.close();

  }
}

这是工作报告：https://repl.it/@randycasburn/glaringsoulfulnet

另外，始终放在第一行的电路板大小应以可变int大小存储；
那么，为什么你的代码只跳过第一行，什么也不做呢？
您的逻辑应该更改为添加以下内容来读取电路板的大小：

int size = scanner.nextInt();
scanner.nextLine(); // to skip to the next line of data

然后使用循环读取所有船舶信息：

while(scanner.hasNextLine()){
    String line = scanner.nextLine();
    String[] coordinates = line.split(";");
    String ship = coordinates[0];
    System.out.println(ship);
}

编辑：
这个字符串数组有空值，因为每艘船的长度（#坐标）不同。
问题中发布的代码中的字符串数组将不具有空值。它将只包含从每行数据中解析的数据。
如果试图将此数组中的数据复制到另一个固定大小的二维数组中，则逻辑错误。当您知道数据的长度不同时，为什么要创建固定大小的数组？
本质上，我需要将所有坐标从carrier存储到一个单独的2d数组中
我不会使用二维数组。相反，我将创建一个arraylist，其中包含一艘船的所有坐标。那么你需要一个数组列表来容纳所有的船。所以逻辑是这样的：

ArrayList<ArrayList<Point>> ships = new ArrayList<>();

while(scanner.hasNextLine())
{
    ...
    ArrayList<Point> ship = new ArrayList<>();

    for (int i = 1; i < coordinates.length; i++)
    {
        // split the value in the coordinates array at the given index
        // use the two values to create a Point object
        Point point = new Point(...);
        ship.add( point );
    }

    ships.add( ship );
}

请尝试以下代码：

public static void ReadFile(File f) throws FileNotFoundException {
        Scanner scanner = new Scanner(f);
        int lineNumber = 1;
        int size_board;
        int [][] boards=new int[4][0];
        int index=0;
        while(scanner.hasNextLine()){
            String line = scanner.nextLine();

            if(lineNumber==1){
                line=line.replaceAll("[\\n\\t ]", "");
                size_board=Integer.parseInt(line);
                System.out.println(size_board);
                lineNumber++;
                continue;

            }

            int[] board=new int[0];
            String[] coordinates = line.split(";");
            String ship = coordinates[0];
            System.out.println(ship);
            int z=0;
            for (int i=1;i<coordinates.length ; i++) {
                board = Arrays.copyOf(board, board.length+2);
                String[] coords=coordinates[i].split("\\*");
                board[z++]=Integer.parseInt(coords[0]);
                board[z++]=Integer.parseInt(coords[1]);
            }

            lineNumber++;
            boards[index]=Arrays.copyOf(boards[index], board.length);
            boards[index++]=board;

        }

        scanner.close();

    }