当我在jdk1.6中编译代码时，这非常有效。两个版本中的java.security.secureclassloader都发生了更改。所以我想我会出错。

在我看来，问题是添加到jar的类是在不同版本的java下编译的。我猜您已经在1.7下编译了，12c运行的是1.7，而11g运行的是1.6。在1.6中编译类并将其添加到jar中，或者在1.7中重新编译jar，并确保您运行的环境具有1.7或更高版本。

noclassdeffounderror表示该类在运行时不可用。确保在类路径中有它，或者静态初始值设定项（如果存在）没有中断。对于后者，您将在stacktrace下面的某个地方看到ExceptionInInitializeError。
不太确定jdk版本是否重要。

在部署jar并对某个类文件进行更改之后，我得到了noclassdeffounderror。
这是由于存在代码所依赖的类文件，并且该类文件在编译时存在，但在运行时找不到（请参阅此答案）。
在部署时，我只是将.class文件从eclipse工作空间拖到一个预先存在的jar文件中。这有关系吗？
是的，这很重要。确保将类文件放回正确的包文件夹中。例如，包中的类 com.foo 必须在文件夹中 com/foo 在jar文件中。当您将更改后的版本拖到jar文件中时，它可能会落在其他地方。
编译jar文件的jdk版本是否重要，因为我运行的是eclipse中的jre1.7，但我的部署环境是jre1.6？
jar文件本身只是一个zip文件，所以不管您使用哪个版本的java压缩jar文件的内容。
但是，如果您从现有jar文件编译了一个类，那么使用哪个版本的java来编译jar文件中的其他类是很重要的，因为您可能会导致该类与其伴随类不兼容。