正如solomonslow在评论中所说，编写多线程代码很难。话虽如此，以下是我的意见和建议。
首先是一些观察：
文本被传递给构造函数并存储在字段中。然后将其从run（）传递到getmap（）。这是不必要的，因为getmap（）还可以看到类字段文本。
getmap（）返回Map，但在run（）中忽略返回值。
bufferedreader br可以是getmap（）中的局部变量。
字符串行可以是getmap（）中的局部变量。
字符串文本可能是最终文本
hashmap可以是最终的，并在构造函数中示例化
在while循环中，replaceall（）的结果被忽略（字符串是不可变的，您需要使用返回值）
这些东西并不能解决你的问题，但会让这个类更干净，更不易变(有些可能是主观的。）
只看解析器无法知道它的状态（new、running、finished等）。虽然它对您的用例可能不是很重要，但我通常喜欢跟踪多线程应用程序中的状态。一些布尔标志可以解决这个问题，如果需要，可以使用枚举。例如，这可以用来防止意外尝试运行getmap（）两次。
如果这意味着只能作为线程运行（使用run（）），我会将getmap（）设为私有。我还可以考虑将其重命名为parsefile（），以便在解析完成后释放getter方法的getmap（）名称。
修改代码：

public class Parser implements Runnable {
    private final Map<Integer, Integer> hashMap;
    private final String text;

    private enum ParserState {NEW, RUNNING, DONE}

    private ParserState state;

    public Parser(String text) { //new Thread passes user value to constructor parameter
        this.text = text;
        this.hashMap = new HashMap<>();
        this.state = ParserState.NEW;
    }

    private void processFile() {
        if (state != ParserState.NEW) {
            return;
        }

        this.state = ParserState.RUNNING;
        String line = "";

        try {
            BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(this.text)));

            while ((line = br.readLine()) != null) {
                line = line.toLowerCase().replaceAll(",", ""); // Don't forget to use the replaceAll() return value
                String[] words = line.split("(?<=\\G.....)");

                System.out.println(Thread.currentThread().getName());

                for (String word : words) {
                    int hash = word.hashCode();
                    int frequency = 1;
                    if (hashMap.containsKey(hash)) {
                        frequency += hashMap.get(hash);
                    }
                    hashMap.put(hash, frequency);

                }
            }
        } catch (IOException e) {
            System.out.println("File not found");
            e.printStackTrace();
        }
        this.state = ParserState.DONE;
    }

    public boolean isDone() {
        return state == ParserState.DONE;
    }

    public Map<Integer, Integer> getMap() {
        if (state != ParserState.DONE) {
            throw new IllegalStateException();
        }
        return hashMap;
    }

    @Override //**************************************
    public void run() {
        processFile();
    }

    //********************************************
} //run method here getsMap() for each thread

跑步者：

public class RunnerClass {

    public static void main(String[] args)  {
        Menu m = new Menu();
        m.start(); //gets user input and assigns to user subject, and then userQuery string variables.

        Parser userSubjectParser = new Parser(m.getUserSubject());
        Parser userQueryParser = new Parser(m.getUserQuery());

        Thread t1 = new Thread(userSubjectParser, "UserSubject");
        Thread t2 = new Thread(userQueryParser, "UserQuery");
        t1.start();
        t2.start();

        // Wait until both threads are finished

        Map<Integer, Integer> hashMapSubject = userSubjectParser.getMap();
        Map<Integer, Integer> hashMapQuery = userQueryParser.getMap();

    }
}