你可以用消极的向后看来实现你想要的。
demo:https网址：regex101.com/r/orqrhv/1
图案： (?<!\\)% 更新1：为了确保只有我们匹配最后一行， atomic group 可以使用。
图案： (?>[\s\S]*\n).*(?<!\\)% 细节： [\s\S]*\n 将匹配所有字符直到最后一个 \n . 原子团， (?>..) 将防止发动机回溯。
成功匹配：https://regex101.com/r/orqrhv/2
匹配失败：https://regex101.com/r/orqrhv/4
注意：如果在输入文本的末尾有一个空的新行，比如https://regex101.com/r/orqrhv/3，它将不匹配。如果这需要匹配，那么我们需要使用负前瞻。
图案： (?>[\s\S]*\n(?<!$)).*(?<!\\)% . (?<!$) 确保 \n 不是紧跟在字符串末尾。

你可以用

(?<!\\)(?:\\{2})*%[^\\%\r\n]*(?:\\[\w\W][^\\%\r\n]*)*\z

查看regex演示。
细节 (?<!\\) -没有 \ 允许直接位于当前位置的左侧 (?:\\{2})* -任何零个或多个双反斜杠（此模式和前面的模式是避免匹配 % 前面有转义反斜杠，不能只使用 (?<!\\) ) % -a % 烧焦 [^\\%\r\n]* -零个或多个字符 \ , % 以及cr和lf行尾符号 (?:\\[\w\W][^\\%\r\n]*)* -零次或多次出现 \\[\w\W] -任何逃逸的字符， \\ 比赛 \ 以及 [\w\W] 匹配任何字符（可以替换为 . 如果你加上 (?s) 模式开头的dotall inline embedded flag选项） [^\\%\r\n]* -任何零个或多个字符，除了 \ , % 以及cr和lf行结束符号。
在java中，使用如下模式

String text = "(a) last line % now with comment\n(b) last line with escaped \\%  and not treated\n(c) last line withouth any special chars\n(d) last line terminates with %\n(e) last line terminates with escaped \\%\n(f) beginning % but even escaped \\% is ignored";
Pattern p = Pattern.compile("(?<!\\\\)(?:\\\\{2})*%[^\\\\%\r\n]*(?:\\\\[\\w\\W][^\\\\%\r\n]*)*\\z");
Matcher m = p.matcher(text);
if (m.find()) {
  System.out.println("Match found!");
}
// => Match found!

请参见java演示。