这意味着建议在config.d目录中创建一个单独的配置文件（与当前配置文件位于同一路径中；所以呢 /etc/clickhouse-server/config.d/ 默认情况下）。
“考虑软件包更新”意味着如果更新clickhouse服务器软件包，它可能会重写/etc/clickhouse server/config.xml，因此您不应该在其中放置任何更改—它将被重写并丢失。
文件中这样说：
主服务器配置文件是“config.xml”。它位于/etc/clickhouse server/目录中。某些设置可以在config旁边的conf.d和config.d目录的*.xml和*.conf文件中重写。
所以，你应该创建一个 /etc/clickhouse-server/config.d/ 目录；然后，在那里创建一个配置文件（如 config.xml , my_config.conf 或者别的什么）。在那里你应该做你所有的自定义设置，那些不同于原来的 /etc/clickhouse-server/config.xml 文件。
例如，您可以将http端口从8123更改为8663：

# cat /etc/clickhouse-server/config.d/test.xml

<?xml version="1.0"?>
<yandex>
    <http_port>8663</http_port>
</yandex>

请确保重新启动守护进程（如果您使用的是ubuntu，则为 sudo service clickhouse-server restart )以应用配置更改。