您可以（ab）使用替换变量：

set termout off
column var3_path new_value var3_path
select case
  when '&var3' = 'true' then './oracle/myOthersqlfile.sql &&varA &&varB'
  else '/dev/null'
  end as var3_path
from dual;
set termout on

@&var3_path

之间的查询 set termout 命令-只隐藏查询的输出-使用case表达式来选择实际文件路径或虚拟文件；我已经使用了/dev/null，但是您可以有一个自己的“no op”文件，如果更清楚的话，它什么也不做。查询会给出别名的结果 var3_path . 这个 new_value 行，然后将其转换为替换变量。这个 @ 然后展开这个变量。
所以如果 var3 如果是“真的”，那么：

@./oracle/myOthersqlfile.sql &&varA &&varB

（或者，实际上，用 varA 以及 varB 变量已替换为其实际值），如果为false，则运行：

@/dev/null

什么也不做，默默地。
你可以 set verify on 在代码周围查看何时何地发生替换。

不能将过程逻辑实现到sqlplus中。您有以下选项：
在运行sqlplus的shell脚本中实现if-then-else逻辑。
使用pl/sql，但是sql脚本应该作为匿名块中的进程调用，而不是像外部脚本那样调用。
在您的情况下，最简单的方法是更改shell脚本。

# /bin/bash

# 

# load environment Oracle variables

sqlplus system/$password@$instance @./oracle/mysqlfile.sql $var1 $var2 $var3

# if then

if [ $var3 == "true" ]
then 
   sqlplus system/$password@$instance @./oracle/myOthersqlfile.sql 
fi

您应该意识到sqlplus只是一个cli（命令行界面）。所以你不能对它应用程序逻辑。
我不知道您在那些sql脚本中做了什么（运行dml、创建文件等），但是最好的方法是将它们转换为pl/sql，然后您可以应用您需要的任何逻辑。