Java7中提供了对文件属性的完全控制，作为“新”io工具（nio.2）的一部分。例如，posix权限可以通过 setPosixFilePermissions() ，或在创建文件时使用类似 createFile() 或 newByteChannel() .
您可以使用创建一组权限 EnumSet.of() ，但helper方法 PosixFilePermissions.fromString() will使用一种传统的格式，对许多开发人员来说更具可读性。对于接受 FileAttribute ，您可以使用 Package 权限集 PosixFilePermissions.asFileAttribute() .

Set<PosixFilePermission> ownerWritable = PosixFilePermissions.fromString("rw-r--r--");
FileAttribute<?> permissions = PosixFilePermissions.asFileAttribute(ownerWritable);
Files.createFile(path, permissions);

在早期版本的java中，使用自己的本机代码，或 exec -调用命令行实用程序是常见的方法。

除了erickson的建议之外，还有jna，它允许您在不使用jni的情况下调用本机库。它非常容易使用，我已经在几个项目中使用过，并取得了巨大的成功。
唯一需要注意的是，它比jni慢，因此，如果对大量文件执行此操作，可能会给您带来问题。
（编辑以添加示例）
下面是一个完整的jna chmod示例：

import com.sun.jna.Library;
import com.sun.jna.Native;

public class Main {
    private static CLibrary libc = (CLibrary) Native.loadLibrary("c", CLibrary.class);

    public static void main(String[] args) {
        libc.chmod("/path/to/file", 0755);
    }
}

interface CLibrary extends Library {
    public int chmod(String path, int mode);
}

在Java6之前，java级别不支持文件权限更新。您必须实现自己的本机方法或调用 Runtime.exec() 执行操作系统级命令，如chmod。
从Java6开始，您可以使用 File.setReadable()/File.setWritable()/File.setExecutable() 设置文件权限。但是它没有模拟posix文件系统，它允许为不同的用户设置权限。file.set（）仅允许为所有者和其他所有人设置权限。
从Java7开始，引入了posix文件权限。您可以像在*nix系统上那样设置文件权限。语法是：

File file = new File("file4.txt");
file.createNewFile();

Set<PosixFilePermission> perms = new HashSet<>();
perms.add(PosixFilePermission.OWNER_READ);
perms.add(PosixFilePermission.OWNER_WRITE);

Files.setPosixFilePermissions(file.toPath(), perms);

此方法只能在posix文件系统上使用，这意味着您无法在windows系统上调用它。
有关文件权限管理的详细信息，建议您阅读本文。

对于使用nio 2的windows 7：

public static void main(String[] args) throws IOException {
    Path file = Paths.get("c:/touch.txt");
    AclFileAttributeView aclAttr = Files.getFileAttributeView(file, AclFileAttributeView.class);
    System.out.println(aclAttr.getOwner());
    for (AclEntry aclEntry : aclAttr.getAcl()) {
        System.out.println(aclEntry);
    }
    System.out.println();

    UserPrincipalLookupService upls = file.getFileSystem().getUserPrincipalLookupService();
    UserPrincipal user = upls.lookupPrincipalByName(System.getProperty("user.name"));
    AclEntry.Builder builder = AclEntry.newBuilder();       
    builder.setPermissions( EnumSet.of(AclEntryPermission.READ_DATA, AclEntryPermission.EXECUTE, 
            AclEntryPermission.READ_ACL, AclEntryPermission.READ_ATTRIBUTES, AclEntryPermission.READ_NAMED_ATTRS,
            AclEntryPermission.WRITE_ACL, AclEntryPermission.DELETE
    ));
    builder.setPrincipal(user);
    builder.setType(AclEntryType.ALLOW);
    aclAttr.setAcl(Collections.singletonList(builder.build()));
}

如果要对创建的文件设置777权限，可以使用以下方法：

public void setPermission(File file) throws IOException{
    Set<PosixFilePermission> perms = new HashSet<>();
    perms.add(PosixFilePermission.OWNER_READ);
    perms.add(PosixFilePermission.OWNER_WRITE);
    perms.add(PosixFilePermission.OWNER_EXECUTE);

    perms.add(PosixFilePermission.OTHERS_READ);
    perms.add(PosixFilePermission.OTHERS_WRITE);
    perms.add(PosixFilePermission.OTHERS_EXECUTE);

    perms.add(PosixFilePermission.GROUP_READ);
    perms.add(PosixFilePermission.GROUP_WRITE);
    perms.add(PosixFilePermission.GROUP_EXECUTE);

    Files.setPosixFilePermissions(file.toPath(), perms);
}

只是为了更新这个答案，除非以后有人遇到这个问题，因为您可以使用jdk 6

File file = new File('/directory/to/file');
file.setWritable(boolean);
file.setReadable(boolean);
file.setExecutable(boolean);

您可以在oracle文件（java平台SE7）上找到文档。请记住，只有当前工作用户拥有该文件的所有权或写入权限时，这些命令才起作用。我知道op需要chmod类型的访问来进行更复杂的用户配置。这些将为所有用户设置全面的选项。

您可以使用file类的方法：http://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/java/io/file.html

对于oralce java 6：

private static int chmod(String filename, int mode) {
    try {
        Class<?> fspClass = Class.forName("java.util.prefs.FileSystemPreferences");
        Method chmodMethod = fspClass.getDeclaredMethod("chmod", String.class, Integer.TYPE);
        chmodMethod.setAccessible(true);
        return (Integer)chmodMethod.invoke(null, filename, mode);
    } catch (Throwable ex) {
        return -1;
    }
}

在solaris/linux下工作。

ApacheAnt chmod（不是很优雅，添加它是为了完整性）与@msorsky共享

Chmod chmod = new Chmod();
    chmod.setProject(new Project());
    FileSet mySet = new FileSet();
    mySet.setDir(new File("/my/path"));
    mySet.setIncludes("**");
    chmod.addFileset(mySet);
    chmod.setPerm("+w");
    chmod.setType(new FileDirBoth());
    chmod.execute();

oracle文档上有一个示例类，其工作原理与unix chmod非常相似。不过，它可以与JavaSE7+一起使用。

simple java code  for change file permission in java  

   String path="D:\\file\\read.txt";
        File file=new File(path);
        if (file.exists()) {
            System.out.println("read="+file.canRead());
            System.out.println("write="+file.canWrite());
            System.out.println("Execute="+file.canExecute());
            file.setReadOnly();
        }

参考：如何在java中更改文件权限

import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Path;
import java.nio.file.Paths;
import java.nio.file.attribute.FileAttribute;
import java.nio.file.attribute.PosixFileAttributes;
import java.nio.file.attribute.PosixFilePermission;
import java.nio.file.attribute.PosixFilePermissions;
import java.util.Set;

public class FileAndDirectory1 {
    public static void main(String[] args) {

        File file = new File("fileTest1.txt");
        System.out.println(file.getAbsoluteFile());
        try {
            //file.createNewFile();
            if(!file.exists())
            {
                //PosixFilePermission is an enum class, PosixFilePermissions is a final class

                //create file permissions from string
                Set<PosixFilePermission> filePermissions = PosixFilePermissions.fromString("---------"/* "rwxrwxrwx" */);
                FileAttribute<?> permissions = PosixFilePermissions.asFileAttribute(filePermissions);
                Files.createFile(file.toPath(), permissions);
                // printing the permissions associated with the file
                System.out.println("Executable: " + file.canExecute());
                System.out.println("Readable: " + file.canRead());
                System.out.println("Writable: "+ file.canWrite());

                file.setExecutable(true);
                file.setReadable(true);
                file.setWritable(true);
            }
            else
            {
                //modify permissions

                //get the permission using file attributes
                Set<PosixFilePermission> perms = Files.readAttributes(file.toPath(), PosixFileAttributes.class).permissions();
                perms.remove(PosixFilePermission.OWNER_WRITE);

                perms.add(PosixFilePermission.OWNER_READ);
                perms.add(PosixFilePermission.OWNER_EXECUTE);
                perms.add(PosixFilePermission.GROUP_WRITE);
                perms.add(PosixFilePermission.GROUP_READ);
                perms.add(PosixFilePermission.GROUP_EXECUTE);
                perms.add(PosixFilePermission.OTHERS_WRITE);
                perms.add(PosixFilePermission.OTHERS_READ);
                perms.add(PosixFilePermission.OTHERS_EXECUTE);
                Files.setPosixFilePermissions(file.toPath(), perms);

                System.out.println("Executable: " + file.canExecute());
                System.out.println("Readable: " + file.canRead());
                System.out.println("Writable: "+ file.canWrite());

                file.delete();
            }
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
        Path path = Paths.get(String.valueOf(file));
        System.out.println(path);
    }
}