补充：用同一张表做数据源进行测试， 同步到另外一张sqlserver表，时间是没有问题的

谁是Reader，谁是Writer？
DataX是支持毫秒精度的，只是不支持微秒和纳秒。
你配置的JSON也发下。

{
"job": {
"content": [
{
"reader": {
"name": "sqlserverreader",
"parameter": {
"column": [
"[inputtime]"
],
"connection": [
{
"jdbcUrl": ["jdbc:sqlserver://xxxxxx:1433"],
"table": ["test.dbo.a"]
}
],
"password": "xxxx",
"username": "xxxx"
}
},
"writer": {
"name": "clickhousewriter",
"parameter": {
"batchByteSize": 134217728,
"batchSize": 65536,
"column": [
" inputtime "
],
"connection": [
{
"jdbcUrl": "jdbc:clickhouse://xxxxxxxxx:8123/ods",
"table": [
"a"
]
}
],
"dryRun": false,
"password": "xxxxxxx",
"preSql": ["truncate table ods . a "],
"username": "xxxxxxx",
"writeMode": "insert"
}
}
}
],
"setting": {
"speed": {
"channel": "1"
}
}
}
}

sqlserver是Reader，clickhouse是Writer
我是用当前master分支的代码编译的

是不是clickhouse-jdbc版本太低了，你升级到最新的试试。

Release v0.3.0
support more data types: IPv4, IPv6, Int128, UInt128, Int256, UInt256, Decimal256, DateTime*, and Map

他到0.3.0版本才支持DateTime64；

应该就是clickhouse-jdbc版本太低的原因。
在0.3.2版本中对TimeStamp的处理如下，有对纳秒精度的处理逻辑：
public static String formatTimestamp(Timestamp time, TimeZone timeZone) {
SimpleDateFormat formatter = getDateTimeFormat();
formatter.setTimeZone(timeZone);
StringBuilder formatted = new StringBuilder(formatter.format(time));
if (time != null && time.getNanos() % 1000000 > 0) {
formatted.append('.').append(time.getNanos());
}
return formatted.toString();
}

在0.2.4版本中
public static String formatTimestamp(Timestamp time, TimeZone timeZone) {
getDateTimeFormat().setTimeZone(timeZone);
return getDateTimeFormat().format(time);
}

getDateTimeFormat()方法返回的是这个

private static ThreadLocal dateTimeFormat = new ThreadLocal() {
@OverRide
protected SimpleDateFormat initialValue() {
return new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd HH:mm:ss");
}
}

1. 升级 clickhouse-jdbc 版本

同步数据报错 (类似 mysql读取，写入clickhouse报错 #1484，已经更新了代码，依然存在该问题)，日志：
日志.txt

1. 升级 clickhouse-jdbc 版本

同步数据报错 日志：
错误日志.txt

修改 driver class

同步数据报错：
错误日志2.txt

看错误日志2.txt，似乎与列的时区TimeZone有关

字段类型 DateTime64(3, 'Asia/Shanghai') -> DateTime64(3)，同步数据会存在 NullPointerException
错误日志3.txt

你原表里有null值，clickhouse-jdbc对NULL处理的有点问题。

升到最新0.3.2-patch11试试
或者将该列显式设置为Nullable

你看下这个issue
ClickHouse/clickhouse-jdbc#878