首先，我建议您检查每个查询，看看它们是否成功，以及受影响的行数。您当前正在调用execute()并相信确实发生了一些事情。谁知道你是否拼写错了一个列名，或者出现了特权错误之类的。
第二，您应该确保应用更新的顺序是从当前的低id号升序。因为你很容易造成错误。下面是一个例子：

mysql> create table bar (id int primary key, x int) engine=myisam;
mysql> insert into bar (id) values (1), (5), (7), (2);
mysql> select * from bar;
+----+------+
| id | x    |
+----+------+
|  1 | NULL |
|  5 | NULL |
|  7 | NULL |
|  2 | NULL |
+----+------+
mysql> set @a := 0;
mysql> update bar set id = (@a:=@a+1);
ERROR 1062 (23000): Duplicate entry '2' for key 'PRIMARY'

原因是id 1设置为1，然后id 5设置为2，这与第四行冲突。

mysql> update bar set id = (@a:=@a+1) order by id;
Query OK, 3 rows affected (0.00 sec)
mysql> select * from bar;
+----+------+
| id | x    |
+----+------+
|  1 | NULL |
|  3 | NULL |
|  4 | NULL |
|  2 | NULL |
+----+------+

这至少起了作用。如果我没有检查错误，我永远不会知道重复的密钥错误。
顺便说一下，您只需设置ALTER TABLE ... AUTO_INCREMENT=0，表格将自动将其调整为max（id）+1。
但我有一个更强烈的建议：

**您无需重新编号自动递增键。**主键必须是唯一的，但不要求是连续的。

有间隙是正常的。当INSERT失败，或者您删除了一行，或者如果您插入但又回滚，就会发生这种情况。
如果对表中各行的主键重新编号，可能会出现问题。例如，如果您的应用程序在数据库外部进行通信，则外部系统可能会有一个旧id的实体记录。
示例：虐待用户1234骚扰其他用户，并将其本人禁止，其帐户关闭并删除。然后重新编号所有id并将1234分配给另一个新用户。第二天，一位律师出现并为你提供了针对用户1234的民事投诉。可怜的新用户因其他人的行为而受到指责。
我在我的书《SQL Antipatterns Volume 1: Avoiding the Pitfalls of Database Programming》中写到了这一点。关于这一错误的章节被称为“伪钥匙整洁怪胎”