看起来你有两个要求：
1.确定具有多个记录ID的所有别名，以及
1.水平列出这些别名的记录ID。
第一种方法比第二种方法简单得多。下面是一些SQL语句，它们应该可以帮助您实现第一种方法：

WITH A   -- Get a list of unique combinations of Alias and [Record ID]
AS  (
   SELECT Distinct
          Alias
     ,    [Record ID]
   FROM  T1
)
,   B  -- Get a list of all those Alias values that have more than one [Record ID] associated
AS  (
    SELECT Alias
    FROM   A
    GROUP BY
           Alias
    HAVING COUNT(*) > 1
)
SELECT  A.Alias
    ,   A.[Record ID]
FROM    A
    JOIN B
        ON  A.Alias = B.Alias

至于第二个问题，如果你对表格中的数据满意：

Alias     Record ID
000123    4
000123    6
000345    6
000345    7

......你可以就此打住。否则，事情就变得棘手了。
PIVOT命令 * 不 * 一定会帮助您，因为它试图解决的问题与您所面临的问题不同。
我假设您不一定能预测每个Alias有多少个重复的Record ID值，因此不知道需要多少列。
如果您只有两个记录，那么在一列中显示每个记录就变得相对简单了。如果您有更多的记录，我建议您考虑一下这些记录的目标（报表、网页、Excel）在水平显示这些记录方面是否比SQL Server在水平返回这些记录方面做得更好。

也许您需要的只是RecordId的min()和max()：

select Alias, min(RecordID), max(RecordId)
from yourTable t
group by Alias
having min(RecordId) <> max(RecordId)

您也可以使用count(distinct)来计算相异值的数目：

select Alias, count(distinct RecordId) as NumRecordIds, min(RecordID), max(RecordId)
from yourTable t
group by Alias
having count(DISTINCT RecordID) > 1;

这将给予所有重复的值：

select Alias, count(RecordId) as NumRecordIds,  
from yourTable t
group by Alias
having count(RecordId) <> count(distinct RecordId);

我同意Ann L的回答，但我想说明一下如何使用CTE的窗口函数，因为您可能更喜欢可读性。
(Re：如何水平地枢转，我再次同意安）
第一个
第一个CTE获取所有唯一别名/记录ID组合。

id | alias  | record_id
----+--------+-----------
  1 | 000123 |         4
  4 | 000123 |         6
  3 | 000234 |         4
  5 | 000345 |         6
  6 | 000345 |         7

第二个CTE只是为上面的别名创建一个新列，并为每个别名添加记录ID的计数。这允许您只筛选那些有多个记录ID与之关联的别名。

id | alias  | record_id | unique_record_ids_count
----+--------+-----------+-------------------------
  1 | 000123 |         4 |                       2
  4 | 000123 |         6 |                       2
  3 | 000234 |         4 |                       1
  5 | 000345 |         6 |                       2
  6 | 000345 |         7 |                       2

SELECT A.CitationId,B.CitationId, A.CitationName, A.LoaderID, A.PrimaryReferenceLoaderID,B.SecondaryReference1LoaderID, A.SecondaryReference1LoaderID, A.SecondaryReference2LoaderID, 
 A.SecondaryReference3LoaderID, A.SecondaryReference4LoaderID, A.CreatedOn, A.LastUpdatedOn 
FROM CitationMaster A, CitationMaster B
WHERE A.PrimaryReferenceLoaderID= B.SecondaryReference1LoaderID and Isnull(A.PrimaryReferenceLoaderID,'') != '' and Isnull(B.SecondaryReference1LoaderID,'') !=''