我手边没有AS编译器，但我相信

for (var x:Number = 1; x<= boardSize; x++)
{
     stones[x] = new Array();
     for (var y:Number = 1; y<= boardSize; y++)
     {
        var stone:StoneSprite = new StoneSprite();
        stone.x = this.x + x*cellWidth;
        stone.y = this.y + y*cellWidth;
        stones[x][y] = stone;
     }
}

可能有用。
顺便问一句，你为什么从索引1开始循环呢？

Idd，你必须将stones[x]初始化为一个数组。例如，在C++中，你可以在一行中初始化一个二维数组（我认为是常量大小），但在AS中你不能。
如果你从索引0开始循环，你也可以使用push，但是它不会给Khilon的答案增加任何东西（如果你改变循环的起始索引，这有点危险）。

for (var x:Number = 0; x< boardSize; x++)
{
     stones.push(new Array());
     for (var y:Number = 0; y< boardSize; y++)
     {
        var stone:StoneSprite = new StoneSprite();
        stone.x = this.x + x*cellWidth;
        stone.y = this.y + y*cellWidth;
        stones[x].push(stone);
     }
}

其他人是对的--您需要将数组初始化为Arrays。
我还要补充一点，因为您在填充这些数组之前就知道boardSize，所以您也应该使用该值，以避免使用Array.push带来的不必要的开销：

var points:Array = new Array(boardSize);

for (var i:uint = 0; i < points.length; i++)
{
    points[i] = new Array(boardSize);

    for (var j:uint = 0; j < boardSize; j++)
    {
        var s:StoneSprite = new StoneSprite();
        // Do your work on s...

        points[i][j] = s;
    }
}

然后，要以您描述的方式读取值，只需使用getter：

private function getStone(x:uint, y:uint):StoneSprite
{
    return points[x - 1][y - 1] as StoneSprite;
}