http://handbrake.fr是一个很好的高级工具，有很多有用的预置mp4的iPod，PS3，...与图形用户界面和CLI界面的Linux，Windows和Mac OS X。
它作为一个静态链接的fat二进制文件附带了自己的依赖项，因此您可以包含所有的x264 / aac编解码器。

$ HandBrakeCLI -Z Universal -i myinputfile.mov -o myoutputfile.mp4

要列出所有可用的预设：

$ HandBrakeCLI -z

软件专利导致Debian/Ubuntu禁用了ffmpeg中的H.264和AAC编码器。参见/usr/share/doc/ffmpeg/README. Debian. gz。
所以，去安装x264，mplayer/mencoder，和Nero的AAC编码器.（或者，如果你想使用所有的自由软件，并且不太关心音频质量，那么sudo aptitude install faac.）
我不记得mencoder的medibuntu包是否包含x264 vid编码，因为我自己是从git x264和svn mplayer源代码中构建的（x264是非常活跃的开发，经常添加显著的质量和速度改进）http://git.videolan.org/?p=x264.git;a=summary.
x264也已打包，但您应该检查它是否足够新，以便将weightp与recent bugfixes一起包括在内，甚至包括最近的速度改进...
或者，如果您已经愿意从.flv进行转换，而不是从制作flv的高质量源进行转换，那么您可以找到任何最新版本的x264都可以。

您正在尝试转换（已经）包含H.264视频和AAC音频的（非常罕见的）.flv文件。

将控制台的输出格式化为FFmpeg会显示这些细节。

Input #0, flv, from 'video.flv':
   Duration: 00:05:01.20, start: 0.000000, bitrate: 66 kb/s
    Stream #0.0: Video: h264, yuv420p, 320x240 [PAR 1:1 DAR 4:3], 66 kb/s, 29.92 tbr, 1k tbn, 2k tbc 
    Stream #0.1: Audio: aac, 22050 Hz, stereo, s16

原始flv将转换为带有H.264视频和AAC音频的.mp4文件（就像原始.flv一样）：

Output #0, mp4, to 'video.mp4': 
    Stream #0.0: Video: mpeg4, yuv420p, 320x240 [PAR 1:1 DAR 4:3], q=2-31, 200 kb/s, 90k tbn, 29.92 tbc 
    Stream #0.1: Audio: 0x0000, 22050 Hz, stereo, s16, 64 kb/s

因为.flv中的音频和视频数据已经采用了您需要的.mp4格式/编解码器，所以您只需将所有内容复制到新的.mp4容器中即可。此过程将比对所有内容进行解码和重新编码要快得多：

ffmpeg -i video.flv -vcodec copy -acodec copy video.mp4

或者更简单地说：

ffmpeg -i video.flv -codec copy video.mp4

真实的的错误是：##

不支持输出流#0.1的编解码器

这意味着FFmpeg无法将音频（流#0.1）转换为AAC。

您可以通过以下方式 * 跳过 * 错误：

• 拷贝音频数据，因为它已经AAC编码（使用上面的copy命令）

或者您可以通过以下方式 * 解决 * 错误：

• 使用带有AAC解码/编码支持的FFmpeg构建版本。FFmpeg当前支持4个AAC库（请参阅FFmpeg and AAC Encoding Guide）。

有关详细信息，您还应阅读Converting FLV to MP4 With FFmpeg The Ultimate Guide

您需要recompile ffmpeg (from source) so that it supports x264。如果您按照本页中的说明进行操作，那么您将能够执行任何类型的转换。

您也可以尝试将Motumedia PPA添加到apt源代码中，并更新ffmpeg包。

最近有这个问题与转换讨厌的WMV到最终削减亲X的编辑。流播放器可以做到这一点，但它留下了一个水印，所以我摆弄了一点ffmpeg，直到我得到了一些进展。
首先安装ffmpeg -我用brew install ffmpeg显然你需要brew安装第一，谷歌位。
接下来，我编写了一个简单的命令行脚本，内容如下--您可以用$1替换输入/输出文件，或者只创建一个shell脚本文件... vi convert.sh Paste。
echo "Pass one" ffmpeg -y -i "$1" -c:v libx264 -preset medium -b:v 1555k -pass 1 -c:a libfaac -b:a 256k -f mp4 /dev/null && echo "Pass two" ffmpeg -i "$1" -c:v libx264 -preset medium -b:v 1555k -pass 2 -c:a libfaac -b:a 256k "$1.mp4"个
然后转换你的视频... sh convert.sh myvideofile.wmv如果一切顺利，你应该看到一个新的文件名为myvideofile.wmv.mp4。
希望这对你有用。

你需要用AAC编码器编译ffmpeg。你可以在AudioCoding找到一个。

试试这个：：Linux中的Libav

Installation: run command  
               sudo apt-get install libav-tools 

Video conversion command::Go to folder contains the video and run in terminal
               avconv -i oldvideo.flv -ar 22050 convertedvideo.mp4