出现相同的问题。请按照以下步骤解决该问题。

• 在Eclipse中为github配置git项目的源。
• 在Eclipse中生成ssh密钥并将其添加到您的github帐户中。

现在你仍然会有问题permissions denied (publickey)。

• 转到~/.ssh/

检查ssh-agent是否正在运行：

user@local:~/.ssh$eval $(ssh-agent -s)

添加密钥：

user@local:~/.ssh$ssh-add id_rsa

因为它是由Eclipse生成的，所以您可能会看到以下消息。

@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@         WARNING: UNPROTECTED PRIVATE KEY FILE!          @
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
Permissions 0664 for '/home/user/.ssh/id_rsa' are too open.
It is required that your private key files are NOT accessible by others.
This private key will be ignored.

在这种情况下，请更改私钥的权限：

user@local:~/.ssh$chmod 400 id_rsa

又补充一句：

user@local:~/.ssh$ssh-add id_rsa

现在在Eclipse中尝试一下，应该可以解决这个问题。