它不会阻塞，因为自定义javascript代码不支持阻塞。正如chrome控制台告诉我们的，

window.alert
function alert() { [native code] }

并且本机代码可能会阻止执行。
在ExtJS中，您可以为消息框编写一个回调，如下所示：

//Alert Box :
var alertBox = Ext.create('Ext.window.MessageBox');
var config = {
    title : 'Title',
    closable: true,
    msg: 'Message',
    buttons: Ext.Msg.OK,
    buttonText: { ok: EML.lang.buttons.ok },
    modal: true,
    callback:function(btn) {
        //callback
        Ext.Ajax.request({
            url: someURL,
            method: 'POST',
            callback: function (options, success, response) {
                //do some stuff
                self.up('window').destroy();
            }
        })
    }
};
alertBox.show(config);

如果这样的回调是深度嵌套的，我倾向于将回调扁平化，如下所示：

var store = me.down('grid').getStore();
var callback3 = function(btn) {
    if(btn=="yes") store.sync();
};
var callback2 = function() {
    Ext.Msg.prompt('A','Third', callback3);
};
var callback1 = function() {
    Ext.Msg.alert('A','Second', callback2);
};
Ext.Msg.alert('A','First', callback1);

在较新版本的ExtJS中，您可以 checkout Ext.Promise，但在ExtJS 4.1中则不行。