AFAIK，所有的代码覆盖工具都使用相同的概念（我将省略报告和检查部分）：
1.首先插入代码（即放置标记）。
1.然后运行测试以执行检测的代码（激活标记并收集数据）。
对于第二步，常见的用例确实是运行JUnit测试，但是您的测试不一定是JUnit测试，实际上，它们甚至不一定是自动化的。
而且，插装代码不必在单元测试的上下文中执行，它可以打包在WAR/EAR中并部署在容器上（这只需要多做一些工作）。
对于Cobertura，我们可以在Frequently Asked Questions中读取以下内容：

在Web应用程序中使用Cobertura

我有使用HttpUnit/HtmlUnit/Empirix/Rational Robot的自动化测试，我可以使用Cobertura吗？

是的！这个过程有点复杂，但是概念是相同的。首先检测编译的类。然后创建war文件。然后将war文件部署到应用服务器（Tomcat、JBoss、WebLogic、WebSphere等）中。现在运行测试。
当您的类被访问时，它们会在磁盘上创建一个“cobertura.ser”文件。您可能需要稍微挖掘一下才能找到它。Cobertura将此文件放在它认为是当前工作目录的目录中。通常，这是启动应用服务器的目录（例如，C：\Tomcat\bin）注意：**在应用程序服务器退出之前，此文件不会写入磁盘。**有关如何解决此问题，请参阅以下内容。
既然知道了cobertura.ser文件的位置，就应该修改部署步骤，使其将原始的cobertura.ser文件移动到应用服务器的适当目录中，然后在完成测试后将其移回，然后运行cobertura-report。
[...]
对于Emma，文档是这样说的：

3.11.如何在{WebLogic、Websphere、Tomcat、JBoss等}中使用EMMA？

首先，你几乎不可能在一个成熟的J2EE容器中使用运行模式（emmarun）。原因在于，许多J2EE特性需要专门的类加载，而这些加载将在EMMA检测类加载器之外进行。服务器可能运行良好，但你可能得不到覆盖率数据。
因此，正确的程序是在部署之前检测您的类别（离缐模式）。离缐检测永远遵循相同的编译/检测/封装/部署/取得涵盖范围/产生报告顺序。请遵循下列步骤：
1.使用EMMA的instr工具来插装所需的类。这可以在打包之前作为编译后的步骤来完成。然而，许多用户也发现让EMMA直接处理他们的jar是很方便的（或者使用覆盖模式就地处理，或者在完全复制模式下创建每件东西的单独插装副本）;
1.像平常一样进行J2EE打包，但不要在此级别将emma.jar作为lib包含在.war、.ear等文件中;
1.找到该容器使用的JRE并将emma.jar复制到其/lib/ext目录中。如果无法做到这一点，请将emma.jar添加到服务器类路径中（以特定于服务器的方式）;
1.部署您的插装类、. jar、. war、. ear等，并通过您的客户端测试用例或交互式或您所用的任何方式来练习/测试您的J2EE应用程序;
1.要获取覆盖率转储文件，您有三个选项，如中所述。强烈建议您将coverage.get control命令与v2. 1中提供的ctl工具一起使用。
对于三叶草，请查看Working with Distributed Applications页面。

我使用emma覆盖工具与单元测试项目构建阶段相集成，但是，工具的文档表明，在您描述的情况下获得代码覆盖率是相当简单的。

我建议使用jacoco，因为它不需要修改源代码。

Code cover是一个很好的工具。对于您的情况，您应该使用command-line interface，它可能会与现有的PowerShell脚本合并。