您所展示的两个代码块在执行的时间和原因上有很大的不同。它们并不相互排斥。它们的用途并不相同。

JavaScript模块

(function($) {
  // Backbone code in here
})(jQuery);

这是一个“JavaScript模块”模式，用一个立即调用的函数实现。

• http://addyosmani.com/resources/essentialjsdesignpatterns/book/#modulepatternjavascript
• http://www.adequatelygood.com/2010/3/JavaScript-Module-Pattern-In-Depth

此代码的目的是为您的代码提供“模块化”、隐私和封装。
它的实现是一个函数，调用方(jQuery)括号会立即调用该函数。将jQuery传入括号的目的是为全局变量提供局部作用域。这有助于减少查找$变量的开销，并在某些情况下为小型化提供更好的压缩/优化。
立即调用函数是立即执行的。函数定义一完成，函数就被执行。

jQuery的“DOMReady”函数

这是jQuery的“DOMReady”函数的别名：http://api.jquery.com/ready/

$(function(){
  // Backbone code in here
});

jQuery的“DOMReady”函数在DOM准备好由JavaScript代码操作时执行。

模块与 Backbone 代码中的DOMReady

在jQuery的DOMReady函数中定义 Backbone.js 代码是一种不好的方式，可能会损害应用程序的性能。在DOM加载并准备好进行操作之前，不会调用该函数。这意味着在定义对象之前，您需要等待浏览器至少解析一次DOM。
在DOMReady函数之外定义Backbone对象是一个更好的主意。我和其他很多人一样，更喜欢在JavaScript Module模式中定义Backbone对象，这样我就可以为我的代码提供封装和隐私。我倾向于使用“Revealing Module”模式（见上面的第一个链接）来提供对我需要的模块之外的位的访问。
通过在DOMReady函数之外定义对象，并提供引用它们的方法，浏览器就可以在处理JavaScript时领先一步，从而潜在地加快用户体验。这也使得代码更加灵活，因为你可以移动对象，而不必担心在移动对象时创建更多的DOMReady函数。
即使你在其他地方定义了你的Backbone对象，你仍然可能会使用DOMReady函数。原因是很多Backbone应用程序需要以某种方式操作DOM。为此，你需要等到DOM准备好，因此你需要在定义好DOM之后使用DOMReady函数来启动你的应用程序。
您可以在网络上找到大量这样的例子，但这里有一个非常基本的实现，同时使用Module和DOMReady函数：

// Define "MyApp" as a revealing module

MyApp = (function(Backbone, $){

  var View = Backbone.View.extend({
    // do stuff here  
  });

  return {
    init: function(){
      var view = new View();
      $("#some-div").html(view.render().el);
    }
  };

})(Backbone, jQuery);

// Run "MyApp" in DOMReady

$(function(){
  MyApp.init();
});

作为一个次要的旁注，将$作为参数发送给匿名函数会使$成为该函数的局部变量，如果经常调用$函数的话，这对性能会有一个小的积极影响。这是因为javascript首先在局部范围内搜索变量，然后向下遍历到窗口范围（$通常在那里）。

它确保您总是可以在闭包中使用$，即使使用了$.noConflict()。
如果没有这个闭包，你应该一直使用jQuery而不是$。

这是为了避免$变量的潜在冲突。如果其他东西定义了一个名为$的变量，你的插件可能会使用错误的定义
有关详细信息，请访问http://docs.jquery.com/Plugins/Authoring#Getting_Started

两者都要用。
自调用函数，您在其中传入jQuery以防止库冲突，并确保jQuery如您所期望的那样可用。
和.ready（）快捷方式方法，以便仅在加载DOM后运行javascript：

(function($) {
    $(function(){
          //add code here that needs to wait for page to be loaded
    });

    //and rest of code here
})(jQuery);