这看起来就像是在while循环之外获取第一个输入。

System.out.print("Enter an integer (Program ends if enter 0): ");
int data = input.nextInt(); // the first input 1 store in here

并且不检查该1。

while (data !=0) {
 System.out.print("Enter an integer (Program ends if enter 0): ");
data=input.nextInt();// 2,3,-1,-2,-3, 0 are inside the loop.

仅检查这些值。

你的代码跳过了第一个条目，因为你是这样编写的。看看下面这几行：

System.out.print("Enter an integer (Program ends if enter 0): ");
int data = input.nextInt();

你要求用户输入数据，但是你什么也不做，所有的数据处理都在while循环中进行。
将这两行替换为：

int data = 0;

您所需要做的就是声明用于获取输入以供以后使用的变量--您不需要立即使用它。
您还必须修改while条件，以便在循环的第一次迭代中，值为0的数据不会自动退出程序：

while ((data !=0) || (count == 0 && data == 0)) {

输出：

Enter an integer (Program ends if enter 0): 1
Enter an integer (Program ends if enter 0): 2
Enter an integer (Program ends if enter 0): 3
Enter an integer (Program ends if enter 0): -1
Enter an integer (Program ends if enter 0): -2
Enter an integer (Program ends if enter 0): -3
Enter an integer (Program ends if enter 0): 0
3 positive numbers
3 negative numbers

在进入循环后，您将覆盖第一个输入。
1.您正在阅读输入并检查输入是否不等于零
1.再次进入循环后，您将从scanner阅读输入，并将其存储到变量数据中（此处，先前的数据将被覆盖）
更新的代码：
扫描器输入=新的扫描器（System.in）;

// int data;
int count = 0;
int negative = 0;
int positive = 0;

System.out.print("Enter an integer (Program ends if enter 0): ");
int data = input.nextInt();

while (data != 0) {
    // count++;
    if (data < 0) {
        negative++;
    } else if (data > 0) {
        positive++;
    }
    count++;

    System.out.print("Enter an integer (Program ends if enter 0): ");
    data = input.nextInt();
}
System.out.println(positive + " positive numbers");
System.out.println(negative + " negative numbers");

package Loops;
    import java.util.Scanner;
    import java.util.SortedMap;
    public class Question12 {
        public static void main(String[] args) {
            Scanner sc= new Scanner(System.in);
            System.out.println("How many numbers you want to enter?\n");
            int x= sc.nextInt();
            int [] data= new int[x];
            for(int i=0;i<data.length;i++){
                System.out.println("Enter the number "+(i+1));
                data[i]=sc.nextInt();
            }
            int count=0;
            int negative=0;
            int zero=0;
            for(int i: data){
                if(i>0){
                    count++;
                }else if(i<0){
                    negative++;
                }else if(i==0){
                    zero++;
                }}
            System.out.println("The positive number count is: "+count);
            System.out.println("The negative number count is: "+negative);
            System.out.println("The zero number count is: "+zero);
        }
    }