设置为series.threshold给予为列提供基底，在您的情况下，可以从y轴的4开始列。

Highcharts.chart('container', {
  chart: {
    type: 'column'
  },
  title: {
    text: 'Stacked column chart'
  },
  xAxis: {
    categories: ['Apples', 'Oranges', 'Pears', 'Grapes', 'Bananas']
  },
  series: [{
    name: 'John',
    threshold: 4,
    data: [5, 3, 4, 7, 2]
  }, {
    name: 'Jane',
    data: [2, 2, 3, 2, 1]
  }, {
    name: 'Joe',
    data: [3, 4, 4, 2, 5]
  }]
});

演示：https://jsfiddle.net/BlackLabel/f73zcu4t/