您似乎在插件配置的最后遗漏了对vundle#end()的调用。请参见快速入门指南，其中显示了在vimrc中定义插件的示例：

call vundle#begin()
Plugin ...
call vundle#end()            " required
filetype plugin indent on    " required

在您的示例中，在Plugin定义周围添加这些行很可能会解决问题：

" load plugins
call vundle#begin()
Plugin 'cormacrelf/vim-colors-github'
call vundle#end()            " required
filetype plugin indent on    " required

" github colors
let g:github_colors_soft = 1 
colorscheme github

还要注意的是Vundle并没有得到很彻底的维护。虽然它没有什么问题，但是vim-plug是一个兼容的替代品（工作方式相同，使用相似的配置和相似的命令），它维护得很好，在性能和特性方面提供了改进。我强烈建议切换到vim插件，特别是如果你开始使用这种风格的Vim插件管理器。

配色方案是沿着'runtimepath'和'packpath'搜索的。因此，如果您安装了与:h packages相关的插件（即在'packpath'下），而不是在任意的~/.vim/bundle下，它们只会在启动时被找到。
对于Vundle等，您需要手动设置'runtimepath'，以便在执行:colorscheme * 之前 * 包含所有插件。对于Vundle，这是通过调用vundle#end()完成的。