我也有这个错误，这是因为我在 pom.xml 中有依赖关系和元模型插件配置，所以它们被生成了两次。尝试删除其中一个。
我的依赖项配置：

<dependency>
    <groupId>org.hibernate</groupId>
    <artifactId>hibernate-jpamodelgen</artifactId>
    <scope>provided</scope>
</dependency>

我的插件配置：

<plugin>
    <groupId>org.bsc.maven</groupId>            
    <artifactId>maven-processor-plugin</artifactId>
    <version>4.5</version>
    <executions>            
        <execution>         
          <id>process</id>          
              <goals>           
                <goal>process</goal>            
              </goals>          
              <phase>generate-sources</phase>           
              <configuration>           
                <!-- source output directory -->            
                <outputDirectory>target/metamodel</outputDirectory>         
              </configuration>          
            </execution>            
        </executions>           
</plugin>           
<plugin>            
    <groupId>org.codehaus.mojo</groupId>            
    <artifactId>build-helper-maven-plugin</artifactId>  
    <executions>            
      <execution>           
        <id>add-source</id>         
        <phase>generate-sources</phase>         
        <goals>         
          <goal>add-source</goal>           
        </goals>            
        <configuration>         
          <sources>         
            <source>target/metamodel</source>           
          </sources>            
        </configuration>
    </execution>            
  </executions>         
</plugin>

尝试在web.xml中设置：
<exclude-unlisted-classes>true</exclude-unlisted-classes>
错误也可能来自元模型生成器。
解决方法：

***在再次生成之前***清理生成目录，或者

• 从元模型插件中启用配置覆盖。

（* 对于maven，这只是指mvn clean install-但只有当生成的元模型文件最终位于build文件夹中而不是普通文件旁边时）

• 说明：* 此工具会从您的实体产生中继模型档案。如果您有实体Car.java，它会产生名为Car_.java的档案（请注意底缐）。例如，这个产生的中继模型档案包含实体的字段，可供您在准则产生器中指涉。

尝试将<exclude-unlisted-classes>true</exclude-unlisted-classes>添加到persistence.xml。我认为由于缺少此语句，类被处理了两次。

我最近遇到了同样的问题。在我的案例中，我正在开发一个工具（.jar），用于执行一些导入任务，使用CSV作为源，使用Oracle数据库作为数据的最终目的地。在其他运行在Application Server中的应用程序中，我们将其优势用于数据库交互。
我使用这个依赖关系：

• Eclipse链接2.6.2
• 文件系统

在我的例子中，我在persistence.xml文件中有两个持久性单元，并且在流程中可以动态地使用其中一个。
首先，我尝试按照一些建议来解决这个问题，比如在持久性单元中设置属性exclude-unlisted-classes，如下所示：

<exclude-unlisted-classes>true</exclude-unlisted-classes>

我还将实体类添加到第一个持久单元中，因为一个类只能在一个已配置的持久单元中列出。但在运行时该实用程序找不到实体类。（与我使用的Netbeans无关）它也可以工作，但缺点是我必须有一些棘手的属性“jar文件”也用于定位实体类。
最后我决定用其他方法来处理这个问题，因为以前的解决方案并没有完全解决所有的问题。
下面的步骤对我很有效。在persistence.xml文件中，我将该行更改为：

<exclude-unlisted-classes>false</exclude-unlisted-classes>

这些是我的PU：

<persistence-unit name="source1" transaction-type="RESOURCE_LOCAL">
    <provider>org.eclipse.persistence.jpa.PersistenceProvider</provider>
    <jta-data-source>jdbc/source1</jta-data-source>
    <exclude-unlisted-classes>false</exclude-unlisted-classes>
    <shared-cache-mode>NONE</shared-cache-mode>
    <properties/>
</persistence-unit>
<persistence-unit name="source2" transaction-type="RESOURCE_LOCAL">
    <provider>org.eclipse.persistence.jpa.PersistenceProvider</provider>
    <jta-data-source>jdbc/source2</jta-data-source>
    <exclude-unlisted-classes>false</exclude-unlisted-classes>
    <shared-cache-mode>NONE</shared-cache-mode>
    <properties/>
</persistence-unit>

在pom.xml文件中，我使用了以下插件：

<plugins>
    <plugin>
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
        <version>3.1</version>
        <configuration>
            <source>${maven.compiler.source}</source>
            <target>${maven.compiler.target}</target>
            <compilerArguments>
                <proc:none/>
            </compilerArguments>
        </configuration>
    </plugin>
    <plugin>
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
        <version>2.6</version>
        <configuration>
            <descriptorRefs>
                <descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
            </descriptorRefs>
            <archive>
                <manifest>
                    <addClasspath>true</addClasspath>
                    <mainClass>${mainClass}</mainClass>
                </manifest>
            </archive>
        </configuration>
        <executions>
            <execution>
                <id>make-assembly</id>
                <phase>package</phase>
                <goals>
                    <goal>single</goal>
                </goals>
            </execution>
        </executions>
    </plugin>
</plugins>

这样就生成了一个包含所有依赖项的fat.jar。最后一个注解我可以说我没有使用元模型类，而是使用了实体类本身，这样无论是在编译阶段还是在运行时阶段都没有任何问题。

我面临的问题，因为相同的类创建在项目的target-dev文件夹内。一旦我删除了所有的.java文件的Map器，然后我做了“无效和缓存/重启”，然后我的服务器启动。

在我的情况下，重置Intellij idea中项目的SDK只会有所帮助。
此外，在其他情况下，当/src/generated文件夹与/build（带有构建构件）一起删除时，它也会有所帮助。因此，出于某种原因，src/generated文件夹实际上没有在gradle的clean命令中更新或清理

清理构建目录（maven的目标文件夹）对我有帮助。