#include <bits/stdc++.h>
这是not standard C++。不要使用它。包含您需要的个别标准信头。
using namespace std;
这是a bad habit。不要使用它。要么使用单独的using声明来表示你需要的标识符，比如using std::cout;，要么在代码中的所有标准元素前面加上std::（这是大多数人喜欢的）。
int d[大小];
这是not standard C++。不要使用这个。使用std::vector代替。

for(int j=0;j<size;j++){
      if(d[i]==d[j]){

假设i == 0，条件if(d[i]==d[j])在i == j时为真，也就是说，在j == 0时为真，那么接下来发生的事情就是把d[0]清零。
现在假设i == 1，条件if(d[i]==d[j])在i == j时为真，也就是说，在j == 1时为真，那么接下来发生的事情就是把d[1]清零。
现在假设i == 2，条件if(d[i]==d[j])在i == j时为真，也就是说，在j == 2时为真，那么接下来发生的事情就是把d[2]清零。
现在假设i == 3...
所以你第一次看到数组的时候就把它的每个元素都清零了，当i != j时，if(d[i]==d[j])永远不会变成真。
这可以通过将内部循环更改为

for (int j = i + 1; j < size; j++) {

这将输出freq，它相差1，因为这个循环不计算第一个元素。将freq = 0改为freq = 1来解决这个问题。我建议在有freq = 1的地方加上 one。把这个赋值语句放在内部循环之前是个好地方。
注意，我在操作符周围使用了空格，您也应该这样做。
Here是你的程序的一个现场演示，上面提到的所有问题都被修复了。没有做其他的修改。

要构建直方图，实际上需要收集历史记录。
示例：

int main() {
    int size;
    cin >> size;

    int d[size];
    int hist[size + 1]{};             // all zeroes - this is for the histogram
    for (int i = 0; i < size; i++) {  // To create array and store values in it
        cin >> d[i];
    }
    for (int i = 0; i < size; i++) {
        ++hist[d[i]];
    }
    for(int i = 0; i < size; ++i) {
        cout << "Frequency of number " << i << " is " << hist[i] << endl;
    }
}

注意：VLA（可变长度数组）不是标准的C++功能。请改用std::vector。
另一种稍有不同的方法是在获取输入值时不受size参数的限制。std::map将值转换为count：

#include <iostream>
#include <vector>
#include <map>

int main() {
    int size;
    if(not (std::cin >> size) or size < 1) return 1;

    std::map<int, unsigned long long> hist; // number to count map

    for(int value; size-- > 0 && std::cin >> value;) {
        ++hist[value];
    }

    for(auto[value, count] : hist) {
        std::cout << "Frequency of number " << value << " is " << count << '\n';
    }
}