不要重复发明。使用为此目的编写并广泛使用的标准生物信息学工具。在您的示例中，使用bedtools getfasta。将区域文件重新格式化为3列床格式，然后：

bedtools getfasta -fi test.fasta -bed range.bed

安装bedtools套件，例如，使用conda，特别是miniconda，如下所示：

conda create --name bedtools bedtools

使用biopython：

# read ranges as dictionary
with open('range.txt') as f:
    ranges = {ID: (int(start), int(stop)) for ID, start, stop in map(lambda s: s.strip().split(), f)}
# {'Ara_001': (3, 60), 'Ara_002': (10, 80), 'Ara_003': (20, 50)}

# load input fasta and slice
from Bio import SeqIO
with open ('test.fasta') as handle:
    out = [r[slice(*ranges[r.id])] for r in SeqIO.parse(handle, 'fasta')]

# export sliced sequences
with open('output.fasta', 'w') as handle:
    SeqIO.write(out, handle, 'fasta')

输出档案：

>Ara_001
KGLTKLLADNAPSCMKEQKFESYFGRKIAVDASMSIYQFLIVVGRTGTEMLTNEAGE
>Ara_002
ADNAPSCMKEQKFESYFGRKIAVDASMSIYQFLIVVGRTGTEMLTNEAGEVTSHLQGMFN
RTIRLLEAGI
>Ara_003
RRVEDYRGRVIAIDASLSIYQFLVVVGRKG

• 注意：使用这个快速代码，range.txt中的每个序列ID都必须有一个条目，但是，如果没有它，修改它以使用默认行为非常容易。*

当我写我的第一个答案时，我误解了这个问题。你的情况并不太依赖于任何编程语言。你似乎需要Timur Shtatland的答案中的实用程序。要么安装该实用程序，要么使用mozway的python代码片段来处理 * 两个 * 你的文件。
我读你的问题的格式，如果你有4个单独的文件，而不是两个。

对于我正在开发的Biotite包，可以使用以下命令来完成此操作：

import biotite.sequence.io.fasta as fasta

input_file = fasta.FastaFile.read("test.fasta")
output_file = fasta.FastaFile()

with open("range.txt") as file:
    for line in file.read().splitlines():
        seq_id, start, stop = line.split()
        start = int(start)
        stop = int(stop)
        output_file[seq_id] = input_file[seq_id][start : stop]

output_file.write("path/to/output.fasta")