我目前正在写一个snakemake管道，我想包含一个perl脚本。这个脚本不是我写的，而是来自一个github页面。我以前从来没有用过perl。
我通过conda安装了perl（5.32.1）。我已经安装了miniconda，正在我的大学unix服务器上工作。
Perl脚本规则的代码如下所示：
rule r1_filter5end:
input:
config["arima_mapping"] + "unprocessed_bam/{sample}_R1.sam"
output:
config["arima_mapping"] + "filtered_bam/{sample}_R1.bam"
params:
conda:
"../envs/arima_mapping.yaml"
log:
config["logs"] + "arima_mapping/r1_filter5end/{sample}_R1.log"
threads:
12
shell:
"samtools view --threads {threads} -h {input} -b | perl ../scripts/filter_five_end.pl | samtools -b -o {output} 2> log"运行此程序时，收到以下错误：
无法打开Perl脚本“../scripts/filter_five_end.pl”：找不到这样的文件或目录
从我的研究中了解到，perl脚本的第1行设置了我的perl可执行文件的路径。
#!/usr/bin/perl由于我使用的是通过conda安装的perl，所以这可能是错误的。所以我将路径设置为：
#!/home/mi/my_user/miniconda3/bin/perl然而这仍然不起作用，不管我是否调用
perl ../scripts/filter_five_end.pl或
../scripts/filter_five_end.pl也许它只是不可能运行perl脚本通过snakemake？任何人谁遇到过这个具体的类似情况？^^
2条答案
按热度按时间ttcibm8c1#
问题不出在shebang上，shebang中的解释器路径并不重要，因为你是直接用
perl ../path调用它的。执行这个命令的shell会解析到perl程序的路径（很可能是conda的路径），然后运行脚本，只从脚本中的shebang获取标志（比如-T或-w）。这个错误消息意味着它找不到实际的脚本文件。我怀疑当你运行shell命令时，它在错误的目录中。尝试一个完全限定的路径。
正如任择议定书在其评论中所述：
我忘了snakemake总是从Snakemake文件中查找文件，而不是规则保存的目录。
dkqlctbz2#
不完全是一个答案，但也许相关：
我忘了snakemake总是从Snakemake文件中查找文件，而不是规则保存的目录。
我认为这并不完全正确。参考点是
-d/--directory设置的目录，默认情况下，它是执行snakemake的位置：