<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On

RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/wp-content/uploads/ [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

所以，在经历了很多烦恼之后，我总算找到了问题所在。事实证明，我最初的问题中的规则确实起到了它应该起到的作用。其他一些方法也起到了同样的作用，比如

RewriteRule ^wp-content/uploads/.*$ - [L]

(Mark如果模式匹配，则规则为最后一个）或

RewriteRule ^wp-content/uploads/.*$ - [S=1]

(Skip如果模式匹配，则返回下一个规则）以及问题中的否定规则，如前所述。所有这些规则都工作得很好，并且在不重写的情况下将控制返回给Apache。
问题发生在这些规则被处理之后。相反，问题是我删除了一个默认的404.shtml，403.shtml等模板，我的主机提供。如果你没有任何.htaccess重写，这就工作正常;服务器将提供它自己的默认404页面，一切正常。（至少我是这么想的，但实际上是双重错误“此外，在尝试使用ErrorDocument处理请求时遇到了404 Not Found错误。”）
另一方面，当您有一个.htaccess时，它会对404页面执行第二次。如果页面在那里，它就会被使用，但是现在，对404.shtml的请求被catch-all规则捕获并重写为index.php。因此，我在这里或其他地方得到的所有其他建议，因为404页面最终被重写为index.php。
所以，解决的办法就是简单地恢复错误模板。回想起来，删除它们是相当愚蠢的，但我有这种“从头开始”的心态。不希望任何看似不必要的东西躺在周围。至少现在我明白了发生了什么，这是我想要的。
最后对塞西尔作了一个评论：我从来没有想过禁止访问任何东西，只是阻止重写的发生。现在并不是说这有多重要，但我只是想澄清这一点。

如果/wp-content/uploads/确实是请求的URI路径的前缀，则您的规则应该按预期工作。
但是，由于它显然不起作用，因此请尝试不匹配完整URI路径的路径前缀，而只匹配没有上下文每个目录路径前缀的剩余路径，如果.htaccess文件在文档根目录中，则匹配没有前导/：

RewriteCond $0 !^wp-content/uploads/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule .+ /index.php [L]

如果这两种方法都不起作用，那么使用mod_rewrite的日志记录特性来深入了解它的重写过程肯定会有所帮助。发出请求并查看用RewriteLog指定的日志文件中的条目。rewrite处理您的请求，并且当RewriteLogLevel大于或等于4时，您还将看到%{REQUEST_URI}等变量的值。

我发现很多这样的例子，当采取“WordPress第一”的方法。例如，添加：
ErrorDocument 404 /error-docs/404.html
到.htaccess文件中会处理消息（“另外，出现404 Not Found错误...”）。

我在Drupal站点中尝试做同样的事情时遇到了这个问题，但是对于WP来说可能是一样的，因为它都是通过index.php完成的old-domain.org/my_path_to_ignore:

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/my_path_to_ignore$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !index.php
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^old-domain\.org$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http%{ENV:protossl}://new-domain.org/$1 [L,R=301]