问题是Apache用户无法访问我的密钥。因此我不得不为Apache用户生成SSH密钥（它是www-data），尽管它不是那么安全。首先以root身份登录。

mkdir /var/www/.ssh
chown -R www-data:www-data /var/www/.ssh

现在生成SSH密钥，如下所示。它会将您的私钥和公钥保存在/var/www/.ssh文件夹中：

sudo -u www-data ssh-keygen -t rsa

现在，您应该得到如下所示的结果：

root@sampath-Vostro-1520:/var/www/.ssh# sudo -u www-data ssh-keygen -t rsa
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/var/www/.ssh/id_rsa): 
Enter passphrase (empty for no passphrase): 
Enter same passphrase again: 
Your identification has been saved in /var/www/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /var/www/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx www-data@machine-Vostro-1520
The key's randomart image is:
+--[ RSA 2048]----+
|       ...o...o..|
|           o..  o|
|         + .. .+o|
|         .  .*o+o|
|     ++ S   ..B..|
|         o . E + |
|        . . o o  |
|             . . |
|                 |
+-----------------+

现在将公钥复制到远程服务器：

sudo -u www-data ssh-copy-id -i /var/www/.ssh/id_rsa.pub username@myserver.com

现在这个应该可以用了。：-）

<?php
$c='rsync -azv /source/folder/path/ username@myserver.com:/destination/folder/path';
exec($c,$data);
print_r($data);
?>

通常你的密钥是通过SSH代理自动加载的，你也可以手动指定一个标识文件来代替它。如果你生成了一个密钥，只要它是apache可读的，就可以使用它。
Rsync不允许您直接指定标识文件，但您可以将参数传递给底层SSH调用：

echo exec('rsync -az -e "ssh -i /var/www/key.pri" --progress --size-only /var/tmp/src/File01 serveruser@mycloud.com.lk:/var/tmp/dest/File01');