下面是在sqlalchemy邮件列表中找到的结果，由Tom H发布：
http://www.mail-archive.com/sqlalchemy@googlegroups.com/msg11241.html

from sqlalchemy.engine.url import URL

myDB = URL(drivername='mysql', host='localhost',
    database='my_database_name',
    query={ 'read_default_file' : '/path/to/.my.cnf' }
)
engine = create_engine(name_or_url=myDB)
# use the engine as usual, no password needed in your code file :)

如果要使用MySQLdb，可以使用ConfigParser解析ini文件：

sql_ini_fileparser = ConfigParser.RawConfigParser()
sql_ini_fileparser.read('example.cfg')
user = sql_ini_fileparser.get('client', 'user')
password = sql_ini_fileparser.get('client', 'password')

这是一个老问题，但公认的答案仍然要求您将主机名作为字符串包含在内。我一直在寻找一个解决方案，它可以读取my.cnf文件并从中获取主机名。
我发现的第一件事是这个页面，以及使用query={'read_default_file': 'my.cnf'}关键字构建URL的建议。

engine = create_engine('mysql+pymysql://hostname', connect_args={'read_default_file': 'mu.cnf'})
engine = create_engine('mysql+pymysql://hostname?read_default_file=my.cnf')

在阅读了大量的源代码之后，我相信如果不以某种方式将主机名传递到create_engine中，就不可能获得sqlalchemy引擎。
所以你必须从其他地方获取主机名。最简单的选择是使用环境变量即host=os.getenv('DATABASE_URI')，或者像karlo建议的那样使用configparser库解析配置文件。我更喜欢配置文件，因为这样你就不必把用户名和密码注入到环境变量中--在这里'下面是pymysql在pymysql.connections.Connection源代码中解析文件的大致方法

from configparser import Parser

read_default_group = 'client' # replace this if you're super special
read_default_file = '/etc/my.cnf' # replace this with the path you want to use

cfg = Parser()
cfg.read(defaults_file) 

def _config(key, arg=None):
    try:
        return cfg.get(read_default_group, key)
    except Exception:
        return arg

user = _config("user")
password = _config("password")
host = _config("host")
database = _config("database")
port = int(_config("port", 3306))
charset = _config("charset", "utf8mb4")
engine = create_engine(f'mysql+pymysql://{user}:{password}@{host}:{port}/{database}?charset={charset}')

我知道这是一个旧的线程，但当我试图通过cnf文件中的套接字进行连接时，上面提到的解决方案对我不起作用。
相反，我做了以下工作：
首先，我解析cnf文件以获取用户名和密码。

CnfFile = open('/directory/.MyCnfFile.cnf', 'r')
for Line in CnfFile:
    if Line.startswith("user"):
        User = Line.lstrip("user=")
        User = User.rstrip("\n")
    if Line.startswith("password"):
        Password = Line.lstrip("password=")
        Password = Password.rstrip("\n")

然后使用套接字创建引擎。

engine = create_engine("mysql+pymysql://"+User+":"+Password+"@localhost?unix_socket=/var/run/mysqld/mysqld-socket.sock")