groovy 在Nextflow DSL2中将通道转换为字符串

ie3xauqp  于 2022-11-21  发布在  其他
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我想知道如何在工作流块中提取Nextflow Channel的内容并使其成为字符串。
例如,我将需要此信息来:

  • 使用GroovyMap定义交换机系统,其中Map键是根据进程的输出选择的
  • 使用watchPath方法监视上一个进程的输出路径
  • 需要字符串但字符串的值是动态的而不是固定的任何其他类型的情况

我已经尝试了.toString()、.map{}、.view()以及文档中可以找到的所有方法

lrpiutwd

lrpiutwd1#

我想知道如何提取Nextflow Channel的内容并使其成为字符串
最好不要尝试这样做。如果您只想根据流程的输出选择Map关键字,您可以在工作流块中声明Map并根据需要使用它。例如:

process test {

    input:
    val myval

    output:
    path "${myval}.txt"

    """
    touch "${myval}.txt"
    """
}

workflow {

    def foobarbaz = ['foo': 1, 'bar': 2, 'baz': 3]

    Channel.of('foo', 'bar', 'baz')
        | test
        | map { tuple( foobarbaz[ it.baseName ], it ) }
        | view()
}

结果:

$ nextflow run main.nf 
N E X T F L O W  ~  version 22.10.0
Launching `main.nf` [high_faggin] DSL2 - revision: 43aaa56eee
executor >  local (3)
[0e/0fd6dc] process > test (3) [100%] 3 of 3 ✔
[1, /path/to/work/a7/d501cb2a8426c5639117d14e8fb7fe/foo.txt]
[2, /path/to/work/22/df9cc4f1d34b9cca0d0331fac5c150/bar.txt]
[3, /path/to/work/0e/0fd6dc0519a34c52903b990755f450/baz.txt]

请注意,您不需要watchPath工厂方法来监视前一个进程的输出路径。只需在输出块中定义前一个进程的输出,并在下游进程的输入块中将它们声明为输入即可。例如:

process foo {

    input:
    val myval

    output:
    path "${myval}.txt"

    """
    echo "value: ${myval}" > "${myval}.txt"
    """
}

process bar {

    input:
    path myfile

    output:
    stdout

    """
    echo "Contents of ${myfile}:" 
    cat "${myfile}"
    """
}

workflow {

    Channel.of('foo', 'bar', 'baz')
        | foo 
        | bar
        | view()
}

结果:

$ nextflow run main.nf 
N E X T F L O W  ~  version 22.10.0
Launching `main.nf` [clever_lovelace] DSL2 - revision: c388bd26af
executor >  local (6)
[ac/1be228] process > foo (2) [100%] 3 of 3 ✔
[11/7b3c6e] process > bar (1) [100%] 3 of 3 ✔
Contents of foo.txt:
value: foo

Contents of bar.txt:
value: bar

Contents of baz.txt:
value: baz

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