如何修复:Linux中无法识别的命令错误

z6psavjg  于 2022-11-22  发布在  Linux
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大家好!
我写了一个脚本,在过去的工作,但突然它不工作,我不知道为什么。
下面是我的脚本:

#!/bin/bash
#This script gets damage seq bed files of 4 nucleotides and filters only those with dipyrimidins in 2-3 position.
_pwd=$PWD
#hg-19 ref genome.
genome_path="/hg_19_ref_genome.fa" 
#Scans all the damage seq given bed files.
for bedFile in $_pwd/*.bed
do
  #Removes duplicates lines.
  sort -u -o $bedFile  $bedFile 
  #Sorts the files according to chromosome and coordinates. 
  sort -k1,1 -k2,2n -o $bedFile  $bedFile 
  name=`basename $bedFile`
  #Adjusts the fasta file name. 
  faName="${name%.bed*}.fa"    
  bedtools getfasta -s -fi $genome_path -bed $bedFile -name -fo $_pwd/fasta_files/$faName #Gets the sequence itself.
done

#Scans all the obtained fasta files.
for faFile in $_pwd/fasta_files/*.fa
do
  name=`basename $faFile`
  faOutput="${name}"
  bedOutput="${name%.fa*}.bed"
  #Filters the files for getting only those which contain dypirimidne in 2-3 columns. 
  cat $faFile  |\
  paste - -  |\
  awk 'toupper(substr($2,2,2)) ~ /^(TT|TC|CT|CC)$/' |\
  tr "\t" "\n" |\
  tee $_pwd/filtered_fasta/$faOutput |\ 
  awk -F '[>():-]' '/^>/ {printf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n",$4,$5,$6,$2,$2,$7);}' > $_pwd/filtered_bed/$bedOutput 
done

当我运行它时,我得到这个错误:

line 30:  : command not found

其中第30行是这一行:

tee $_pwd/filtered_fasta/$faOutput |\

我不知道为什么会出现这个错误,它以前工作得很好。
我真的希望有人能帮我解决这个问题。

**更新:**我删除了所有的"“,它现在工作正常。

aiazj4mn

aiazj4mn1#

如果我相信你已经正确地粘贴了你的脚本,在第30行的反斜杠\后面有一个字符。
Bash本身会告诉您未知命令的名称:

line 30:  : command not found

:和``之间的是命令名,Bash无法识别,而这个白色。
正如注解中所建议的,删除管道符|后面的反斜杠\,并确保管道符是行中的最后一个。这将提高可读性。
此外,好的编辑器可以显示白色(example for Sublime Text)。启用它将显示这样的错误。

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