事实上，你还有第三种可能性：key: ""（空值）
而且你忘记了一个关于null值的特性。key: null上的查询将检索所有key为null**或key不存在的文档。
当$exists:false上的查询将只检索字段键不存在的文档时。
要返回到您的确切问题，这取决于您的查询和数据表示的内容。如果您需要保留该字段，例如，用户设置了一个值，然后又取消设置它，您应该将该字段保留为null或空。如果不需要，您可以删除该字段。

请注意，由于MongoDB不使用字段名字典压缩，field:null会消耗磁盘空间和RAM，而根本不存储键则不会消耗资源。

它实际上归结为：

• 您的方案
• 您的询问方式
• 您的索引需要
• 您的语言

我个人选择了存储空键。这使得它更容易集成到我的应用程序中。我使用PHP与活动记录和使用空值使我的生活更容易，因为我不必把压力的字段依赖于应用程序。我也不需要做任何复杂的代码来处理魔术设置不存在的变量。
我个人不会存储像""这样的空值，因为如果你不小心的话，你可能会有两个空值null和""，然后你会有一个偶然的时间来查询特定的值。所以我个人更喜欢null作为空值。
至于空间和索引：这取决于有多少行可能没有这个列，但我怀疑你是否真的注意到索引大小的增加，因为一些额外的文档中有null。我的意思是存储的差异是很小的，特别是如果相应的键名也很小。这也适用于大型设置。
坦率地说，我不确定$exists和null之间的索引用法，但是null可能是一个更标准化的方法，通过它来查询存在性，因为请记住MongoDB是无模式的，这意味着您不需要在文档中拥有该字段，这又会产生两个空值：不存在和null。所以最好选择其中之一。
我选择null。

您可能需要考虑的另一点是在使用OGM工具（如Hibernate OGM）时。
如果您使用的是Java，Hibernate OGM支持JPA标准。因此，如果您可以编写JPQL查询，那么，如果您希望切换到OGM工具支持的备用NoSQL数据存储库，理论上会很容易。
JPA没有为Mongo中的$exists定义一个等价的属性。所以如果你的集合中有可选的属性，那么你就不能为它写一个合适的JPQL。在这种情况下，如果属性的值存储为NULL，那么仍然可以写一个有效的JPQL查询，如下所示。

SELECT p FROM pppoe p where p.logout IS null;

我认为在磁盘空间方面的差异是可以忽略不计的。如果你需要在这个字段上创建索引，那么考虑部分索引。
用{ partialFilterExpression: { key: { $exists: true } } }表示的指数可以比普通指数小得多。
还应注意，查询的外观不同，见如下值：

db.collection.insertMany([
  { _id: 1, a: 1 }, 
  { _id: 2, a: '' }, 
  { _id: 3, a: undefined }, 
  { _id: 4, a: null }, 
  { _id: 5 }
])
db.collection.aggregate([
   {
      $set: {
         type: { $type: "$a" },
         ifNull: { $ifNull: ["$a", true] },
         defined: { $ne: ["$a", undefined] },
         existing: { $ne: [{ $type: "$a" }, "missing"] }
      }
   }   
])
   
{ _id: 1, a: 1,         type: double,    ifNull: 1,    defined: true,  existing: true }
{ _id: 2, a: "",        type: string,    ifNull: "",   defined: true,  existing: true }
{ _id: 3, a: undefined, type: undefined, ifNull: true, defined: false, existing: true }
{ _id: 4, a: null,      type: null,      ifNull: true, defined: true,  existing: true }
{ _id: 5,               type: missing,   ifNull: true, defined: false, existing: false }

或者用db.collection.find()表示：

db.collection.find({ a: { $exists: false } })
  { _id: 5 }

db.collection.find({ a: { $exists: true} })
  { _id: 1, a: 1 }, 
  { _id: 2, a: '' }, 
  { _id: 3, a: undefined }, 
  { _id: 4, a: null }

db.collection.find({ a: null })
  { _id: 3, a: undefined }, 
  { _id: 4, a: null },
  { _id: 5 }

db.collection.find({ a: {$ne: null} })
  { _id: 1, a: 1 }, 
  { _id: 2, a: '' }, 

db.collection.find({ a: {$type: "null"} })
  { _id: 4, a: null }