我遇到了同样的问题，我找到的解决方案是这样的：

var tree = $("#tree").jstree({
    plugins: ["json_data", "checkbox"],
    json_data: {
        ajax: {
            url: '/api/group/node',
            success: function(groups) {
                var nodes = [];
                for (var i = 0; i < groups.length; i++) {
                    var group = groups[i];
                    var checkedState = "false";
                    if (group.isSelected)
                        checkedState = "true";
                    else if (group.isDecendantSelected)
                        checkedState = "undetermined";
                    nodes.push({
                        data: group.name,
                        attr: { 'checkedNode': checkedState }
                    });
                }
                return nodes;
            },
            complete: function () {
                $('li[checkedNode="undetermined"]', tree).each(function () {
                    $(this).removeClass('jstree-unchecked').removeClass('jstree-checked').addClass('jstree-undetermined');
                });
                $('li[checkedNode="true"]', tree).each(function () {
                    $(this).removeClass('jstree-unchecked').removeClass('jstree-undetermined').addClass('jstree-checked');
                });
                $('li[checkedNode="false"]', tree).each(function () {
                    $(this).removeClass('jstree-checked').removeClass('jstree-undetermined').addClass('jstree-unchecked');
                });
            }
        }
    }
});

希望对你有帮助！

也许这段时间改变了。
但现在（版本3.0.0），真正简单的解决方案奏效了：
{ id : "string" // will be autogenerated if omitted text : "string" // node text icon : "string" // string for custom state : { opened : boolean // is the node open disabled : boolean // is the node disabled selected : boolean // is the node selected undetermined : boolean // is the node undetermined <<==== HERE: JUST SET THIS }, children : [] // array of strings or objects li_attr : {} // attributes for the generated LI node a_attr : {} // attributes for the generated A node }
直接从源代码中学习，网址为：https://github.com/vakata/jstree/blob/6507d5d71272bc754eb1d198e4a0317725d771af/src/jstree.checkbox.js#L318

谢谢你们，我发现了一个额外的技巧，它可以让生活变得更好，但是它需要在jstree.js中进行代码更改。看起来像是一个疏忽：
查看get_undetermined函数，并搜索关键字 break。该 break 应该是continue。
如果你做了一个改变，那么你所需要做的就是提供状态（主对象及其子对象），jstree将自动处理向上级联的未确定状态。它很早就从脚本中退出，无法正确地捕获所有未确定的节点，需要上面丑陋的变通方法来进行样式等。
下面是我使用 AJAX 的配置（不需要特殊的属性或complete（）函数）：

var tree = $('#jstree').jstree({
    "core": {
        "themes": {
            "variant": "large"
        },
        'data': {
            'url': function (node) {
                return "{{API}}/" + node.id + "?product_id={{Product.ID}}"
            },
            'dataType': 'json',
            'type': 'GET',
            'success': function (data) {
                if (data.length == 0) {
                    data = rootStub
                }
                return {
                    'id': data.id,
                    'text': data.text,
                    'children': data.children,
                    'state': data.state,
                }
            }
        }
    },
    "checkbox": {
        // "keep_selected_style": false,
        "three_state": false,
        "cascade": "undetermined"                        
    },
    "plugins": ["wholerow", "checkbox"],
});