如何在unix中将.fam中的列替换为.txt

iqxoj9l9 于 2022-11-23 发布在 Unix

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我正在寻找一些选项在unix（可能是awk或sed），通过它我可以取代最后一列在我的fam文件与最后一列（v8）的.txt文件。
我的.fam文件如下所示

20481 20481 0 0 2 -9
20483 20483 0 0 1 1
20488 20488 0 0 2 1
20492 20492 0 0 1 1

我的.txt文件看起来像这样。

V1       V2     V3      V4      V6     V7_Pheno   V8
    2253792 20481   NA      DNA     1       Yes    2
    2253802 20483   NA      DNA     4       Yes    2
    2253816 20488   NA      DNA     0       No     1
    2253820 20492   NA      DNA     4       Yes    2

我的outcome.fam文件应该如下所示

20481 20481 0 0 2 2
20483 20483 0 0 1 2
20488 20488 0 0 2 1
20492 20492 0 0 1 2

unix

来源：https://stackoverflow.com/questions/68020045/how-to-replace-a-column-in-fam-with-txt-in-unix

2条答案

按热度按时间

wfauudbj1#

paste合并行
awk允许选择列，因此

paste foo.fam bar.txt | awk '{ print $1 " " $2 " " $3 " " $4 " " $13 }'

我应该做你想做的事
如果要取消.txt文件的标题行，可以调用tail跳过第一行：
tail -n +2 bar.txt
因此，您可以将其集成到命令行中（假设您使用bash）

paste foo.fam <(tail -n +2 bar.txt) | awk '{ print $1 " " $2 " " $3 " " $4 " " $13 }'

赞(0）回复(0）举报 2022-11-23

vdzxcuhz2#

awk可以独自完成。

$: awk 'BEGIN{ getline < "f.txt" } 
     { gsub("[^ ]+$",""); l=$0; getline < "f.txt"; print l$7; }' f.fam
20481 20481 0 0 2 2
20483 20483 0 0 1 2
20488 20488 0 0 2 1
20492 20492 0 0 1 2

BEGIN读取.txt上的标头记录。
然后，对于.fam的每一行，去掉最后一个字段并保存到l。
以这种方式使用的getline也解析为字段，因此print l$7;打印.fam中的缩短记录，并添加.txt中的最后一个字段。

赞(0）回复(0）举报 2022-11-23

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