加快查询速度的一个主要方法是为相关列添加索引。为id列添加索引将加快查询速度（如果它还没有索引）。
正如@danblack在评论中提到的，MariaDB有一个EXPLAIN特性，可以分析查询，然后用分析来优化查询。
如果上述方法不起作用，还有一些更复杂的技术可以加快查询速度，例如编写存储过程

这将大大加快子查询的速度：

INDEX(phone)

我假设你已经有了'PRIMARY KEY（id）。
这种重新表述 * 可能 * 改进查询计划：

SELECT messages.*
    FROM ( SELECT MAX(id) AS maxid FROM messages GROUP BY phone ) AS x
    JOIN messages  ON messages.id = x.maxid
    WHERE  chat = :ch
      AND  status = :st
      AND  seller_id = :seller
    ORDER BY  created_at DESC

存储过程的帮助不足以保证其使用。
在询问性能问题时，应始终包括EXPLAIN SELECT ...和SHOW CREATE TABLE。