我认为这个问题的关键是你在这篇评论中分享的信息：
许多行的createdAt具有相同的值。$sort是否有可能无法正常工作？
这并不是说排序不一定“正常工作”，而是它没有足够的信息来确定性地排序。123的值本身不会出现在另一个123的值之前或之后。正如@诺埃尔所指出的，您需要为排序提供一个或多个附加字段。
以下文档中也包含此内容：
MongoDB不会以特定的顺序将文档存储在集合中。当对包含重复值的字段进行排序时，包含这些值的文档可能会以任何顺序返回。
如果需要一致的排序顺序，请在排序中至少包含一个包含唯一值的字段。保证这一点的最简单方法是在排序查询中包含_id字段。
这是因为_id字段是唯一的。如果您采用这种方法，则会将排序更改为：

{ $sort: { 'createdAt': -1, _id: 1 } },

limit应使用基于分页（即0、10、20 ...）的动态值，则skip应为(page - 1 * limit)
比方说，

const limit = 10;
const page = 1;
const skip = (page - 1) * limit; // basically is 0

MyModel.aggregate([
  { $match: query },
  { $sort: { 'createdAt': -1 } },
  { $skip: skip },
  { $limit: limit }
  ], { allowDiskUse : true });

因此您的查询将跳过0个数据，并从第一个结果开始，直到第10个
因此如果您页面查询为2，

const limit = 10;
const page = 2;
const skip = (page - 1) * limit; // basically is 10

MyModel.aggregate([
  { $match: query },
  { $sort: { 'createdAt': -1 } },
  { $skip: skip },
  { $limit: limit }
  ], { allowDiskUse : true });

因此您的查询将跳过10个数据，并从第11个结果开始，一直到第20个